无论是母种、原种或栽培种，如果未及时使用，其菌丝就会很快衰老，降低生产力，影响产量和质量。因此，菌种必须进行适当的保存。其目的是保持菌种的生活力，降低死亡速度，保持菌种原有的优良性状，防止退化，确保菌种纯一，防止杂菌感染。
菌种保存的基本原理：主要是通过采用低温、干燥与缺氧的条件，以中止菌种的繁殖，降低其新陈代谢，使之处于休眠状态。菌种保存的方法很多，常用的为斜面低温保存法，液体石蜡保存法等。有条件的还可采用冷冻真空干燥保存法。
1. 斜面低温保存法
这是最简便最普通的保存方法。将菌丝生长良好的斜面菌种，置于冰箱内，在4℃左右低温下保存，以后每隔2~3个月转管移接一次。这种保存方法适于大多数食用菌菌种。但草菇菌种在5℃以下很快死亡，所以草菇菌种不宜放在冰箱中，置于室温保存即可，每隔2~3个月，也须重新移接一次，防止菌种老化。为防止菌种在保存过程中积累过多的酸，在配制保存母种培养基时添加0.2%磷酸二氢钾或0.02%碳酸钙等盐类，对培养基PH值的变化能起缓冲作用。
为了延长保存时间，试管口处要用塑料薄膜包扎，以防培养基干涸。在没有冰箱设备的地方，可把母种试管，用石蜡封口，再用塑料薄膜包封，沉放于清凉的井底保存。
2.液体石蜡保存法
食用菌的菌丝体都可用此法保存，方法简单，只在斜面菌种试管内注入一层已灭过菌的液体石蜡，注入量以高出斜面1厘米为宜，使菌种与空气隔绝，降低其新陈代谢的活动，然后在棉塞外包以塑料薄膜，直立存放于室内干燥处或低温下保存，一般可保存一年以上。液体石蜡在使用前要彻底灭菌，灭菌后的液体石蜡由于有水蒸气渗入，会影响菌种保存质量，因此需要放在44℃烘箱中烘烤数小时，使水蒸气蒸发。在室温下也可以，不过所需的时间要长些。
使用液体石蜡菌种时，只要用接种计从斜面上挑取少许菌体，放在新鲜的培养基上；经过培养，即可应用。原种则重新蜡封，继续保存。
3.木屑试管菌种保存法
用杂木屑按原种的培养基配制装入大号试管，容量为管高的三分之二，擦净管口塞紧棉塞，用牛皮纸包扎管口后高压灭菌，然后移入母种，在25~28℃下培养，待长满菌丝后，立
即移到低温干燥环境保存、或埋于尿素、硝酸铵或地洞中保存，效果更好，并能延长保存时间。
4.冷冻干燥保藏法
这种方法采用真空、干燥、低温等手段，使菌种新陈代谢活动处于相对静止状态，在低温下快速冷冻，又在低温下真空干燥，而使菌细胞的结构与成分保持原来状态。还有沙土保存法、液氮超低温保藏法、滤纸片保存法、菌丝球生理盐水保藏法、麦粒保藏法、干孢子真空保藏法等，要根据自己的工作需要及具体条件而定。一边保存，一边还要分离，复壮，做好选育工作，延续菌种的忧良性能。
