1、鲜贮。采收后的鲜菇经整理后立即放入干净的竹篮、竹筐或木桶等容器中，上用多层湿纱布或塑料薄膜覆盖，置阴凉处。鲜菇在室温下贮藏的时间受温度和空气湿度影响较大。若室温为3～5℃，空气相对湿度为80%左右，鲜菇可贮藏7天；另外，也可将菇体压于冷水水面以下，但所用水必须卫生，水中的含铁量应低于2毫克/升，这样菇体不仅不会变黑，而且还可延长保藏期。
2、冷藏。冷藏是指用接近于０℃或稍高几度的温度贮藏食用菌的一种方式。低温使得菇体内各种酶活性减小，呼吸作用减弱，因而减缓了基质的失水失重以及褐变的发生，利于食用菌的保鲜。不同菇类对温度的要求也不同，一般都有一个最低限度，超过这个限度会引起代谢反常，减弱对不良环境的抗性。如草菇的最适保藏温度为0～2℃(可贮14天)，4～6℃下很快液化，10～15℃能贮2～3天，30℃只能贮存24小时。双孢蘑菇0℃下可贮存35天，5℃下可贮存28天，15℃时最多贮存12天。注意：食用菌的冷藏室内不能同时放置水果，因为水果可产生乙烯等还原性物质，使双孢蘑菇、金针菇、香菇、猴头等食用菌很快变色。
3、气调贮藏。该方法是通过人工控制环境的气体成分以及温度、湿度等因素，达到安全保鲜的目的。一般是降低空气中氧的浓度，提高二氧化碳的浓度，再以低温贮藏来控制菌体的生命活动。适当降低环境中氧气的浓度，增加二氧化碳的浓度，不仅可以抑制呼吸作用，还可延缓菇体开伞和影响菇体中多酚氧化酶的活性。所以气调贮藏是现代较为先进的保藏技术。
4、真空减压保鲜：真空减压保鲜法是基于气调保鲜基础上开发出的新型保鲜技术，是把菇体贮藏场所或贮藏容器内的气压降低，造成一定的真空度(绝对压力为39～3923Pa)的保鲜方法。其原理是：在真空下，容器内氧气分压很低，抑制了菇体的呼吸作用，同时也促进了由菇体生命活动所产生的有害气体如乙烯、乙醛等向环境里的扩散速度，减轻了菇体自身的生理中毒。减压法不但可以延长新鲜食用菌的贮藏期，而且还有保持菇体色泽、防止组织软化的效果。真空减压保鲜法是当代更为先进有效的保鲜技术。
5、薄膜包装贮藏：这是气调贮藏的一种方式。该方法在贮藏过程中氧和二氧化碳的浓度变化不确定，因而多用于短期贮藏、运输以及作为鲜销的一种临时性贮藏方式。薄膜包装可减少菇体中水分蒸发，保护产品免受机械损伤，另外，包装材料来源广，保存费用低，而且既卫生又美观，是鲜销包装贮藏的良好方法。
