羊肚菌水分含量非常高，在烘干过程中要特别注重温度与湿度的控制。而且不同批次采收的羊肚菌其水分含量不一样。一般来说，第一茬菇的含水量相对低，陆续第二茬菇、第三茬菇的含水量一批批加大，都可以在第一茬菇烘干经验的基础上适当加长时间。这里以第一茬菇的烘干为例，介绍羊肚菌的烘干经验：
01 烘干初期
无需冷藏保鲜的羊肚菌按不同长度进行剪柄后，排放于烘筛上，将烘筛推入烘干机烘箱内，紧闭箱门开始启动机器起烘。起烘温度不能低于35℃，最好是35℃起烘，湿度控制在70%以内，时间3小时左右，用低温来给羊肚菌定性定色，以保证其形状饱满，不塌陷。
02 升温排湿
温度上升在40℃～45℃的范围内，湿度降到55%，烘2小时左右，这时羊肚菌有收缩，水分明显减少。
03 强化烘干排湿
温度上升到50℃左右，温度设定在35%，继续烘2小时左右，继续强化羊肚菌的烘干排湿。这时，羊肚菌表面基本干透，但菇体尤其在菌柄与菌帽结合处仍是软的，还没有干透。
04 高温干燥
温度上升至53--55℃，温度降到15%，进行高温干燥，实现羊肚菌的彻底干燥。需要强调的是，在羊肚菌的干燥过程中，不宜升温过快，每阶段约5℃较为适宜，烘出的羊肚菌含水量约12%，外形饱满，菌柄米白，菌帽棕色或黑色，气味芬芳。
05 回软
羊肚菌烘干完成后，不要急于马上装袋，可在空气中静置10-20分钟，使其表面稍微回软，否则干硬的羊肚菌在装袋过程中发生脆断而被损坏。
关于贮藏：羊肚菌烘干后，如果不妥善贮藏，很容易返潮。特别是在雨季气温高、湿度大时更易引起霉变及虫蛀。所以羊肚菌干燥后，要迅速分等级装入塑料袋中，或按客户要求装入礼品包装袋后进行装箱。为了防止潮气侵入，可在塑料袋中放入一小包无机氯化钠，以免羊肚菌体内的糖分渗出而变色，同时防止麦蛾等产卵和孵化。
