1.菌袋料面出现白色絮状气生菌丝 原因：①菌袋含水量偏低，保湿发菌阶段空气湿度不足。②“搔菌”后，催蕾室内CO2浓度偏高，通风不足，延长了营养生长向生殖生长转化的时间。措施：①调整培养基含水量。②增加保湿发菌阶段空气相对湿度，防止气生菌丝生长过旺，形成菌腊。做好催蕾阶段室内保湿与通风工作。
2.“搔菌”3天后，不见料面菌丝恢复 原因：催蕾室的空气过于流通，菌袋料面覆盖物未盖严。措施：集中处理，用冷开水连续2天内轻喷2—3次，使料面湿润。喷水10分钟后再覆盖，保持覆盖物与料面之间有较高的相对湿度。
3.菌袋料面呈黑色潮湿状 原因：①直接将生水喷洒于料面。②薄膜长时间覆盖料面，引起膜上冷凝水回滴，导致菌丝萎缩，料面变黑。措施：用灭过菌的小刀挖去发黑部分培养料，重新保湿发菌。
4.菇蕾变色枯死 原因：在诱导出菇阶段所分泌的小水珠未能及时风干，使菇蕾原基被分泌的水珠淹没，窒息而死。措施：待料面出现细小水珠时，逐渐加大室内通风，使分泌的小水珠风干。水珠颜色呈淡黄色、清亮为正常，若呈茶褐色或混浊时，视为已被细菌感染。
5.原基密密麻麻，有效菇稀稀拉拉 原因：主要是金针菇发育不同步导致，为抑制开伞，片面提高CO2浓度，过早地将菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或过早进行套袋，使大部分菇蕾因得不到足够的氧气供应而窒息。措施：应根据不同季节，不同栽培环境，采取不同通风量的办法来解决。在抑制阶段要加大室内通风，让长得高的菇蕾发白。春夏季节，雨天要加大室内空气循环量，相对湿度保持80%—85%，宜采用竖直往复式升降风扇，确保栽培架每一层空气均能充分流动。
6.出现菌盖相连，菇柄扁平的“连体菇” 原因：菇房内换气不充分，以及菌丝未达到生理成熟、培养基过干，菌种老化等原因均会导致“连体菇”的产生。措施：以简易CO2测定仪临测菇房内子实体不同发育阶段CO2的含量；子实体发育过程中光强应低于200勒克司，每日受光2小时，分数次进行。
7.菇蕾粗细不一 原因：幼蕾抑制失败。措施：在催蕾过程中要经常疏蕾，将特别粗壮的菇蕾手工拔弃。
8.“水菇” 原因：菇房内空气相对湿度较高。措施：尽可能地降低菇房内空气相对湿度，用往复式垂直风扇或180°转头电风扇吹，强制对流。调整好进排气量的比例，补进的新鲜空气应先预冷排湿。采收前2天要加大空气对流量。
9.菇蕾发育过程易开伞 原因：①菌袋质量。若菌丝稀拉，装料不紧，即使出菇，也易开伞。②栽培管理过程中温度、湿度、氧气、光照不协调。措施：菌袋培养过程中要加强空气循环，防止发菌阶段产生的热量无法散发，同时检查培养料含水量是否低于50%或高于70%，并检查菌袋灭菌是否彻底，三级种是否受到隐性污染。后两种可将三级种和未接种的菌袋在无菌条件下回接入PDA培养基内，观察是否出现污染。
