平菇出菇期，菌丝由营养生长向生殖生长转化，该期虫害发生较少，而子实体病害发生较多，其多包括由病原细菌引起“黄菇病”和畸形菇等生理性病害。
细菌病害
病害一：斑点病，又称褐斑病、黄菇病等，属细菌性病害。
症状：菌盖是该病害的主要为害对象。发病初期，菌盖表面可见淡黄色变色区，后逐渐加深变为干黄色、浅褐色、暗褐色，并同时出现凹陷斑点，继而分泌粘性液体。如果空气湿度不是太高，约3天左右，粘性液体渐干，随后菌盖开裂，形成不对称菌盖的子实体。
斑点病的病原菌是假单孢杆菌，喜高湿、高温、密闭的环境，该菌在自然界的分布很广，工具、材料、原料、土壤、水流以及各种虫类，均可成为传播媒介。
处理措施：停止喷水，加强通风，充分降低湿度；清除病菇，清理料面，喷洒黄菇一喷灵、霉斑净、特效万消灵（二氧化氯片剂）等溶液，使用剂量参照说明书。畦式栽培时，撒施一定量的石灰粉，也可起到抑制作用。
病害二：黄斑病，典型的表现为多在低温季节发病，如气温在10℃左右时，该病发展迅速，为害严重。初期只在菇体表面出现黄褐色斑点或斑块，随之病区扩大，并深入菌肉组织。此后，子实体变为褐色、黑褐色，进而死亡、腐烂。
黄菇病的病原菌为黄单孢杆菌，亦属细菌性病害，该病菌性喜低温、高湿环境，其传播途径与斑点病相似，防治措施相同。
平菇畸形
花菜形状：菌柄没有分化，大量的小原基聚集在一起，形成球形的菌块。这种形状的平菇一般是因为二氧化碳的浓度过大而引起，还有一种情况是因为喷洒了敌敌畏、速灭杀丁等杀虫剂而引起。解决的措施：一是加强通风，不要采用封闭式的保温措施；二是喷洒放线菌制剂，立信菌王、光大菌王等生物菌肥缓解。
蓝边菇：灰黑色菇体生长时，菌盖上产生蓝色圈，甚至整个菇体变成蓝色。这种现象一般是因为在棚内采用煤炉提温，子实体发生一氧化碳中毒造成的。在棚内采用煤炉增温时，排烟系统一定要完善，绝对不能在棚内留有残留的烟雾。
瘤盖菇：在菇盖上生长有很多小瘤样突起，有的突起还形成菌褶，严重影响商品性。发生这种现象的原因是通风不好，气温低且持续时间过长，造成菌盖生长比例失调所致。解决的措施一是保证菇棚有良好的通风条件，二是保证菇棚有良好的出菇温度，冬季出菇的品种一般为中低温型，出菇的温度应尽量保持在8℃以上为好。
菌柄粗长水肿状，菌盖不分化：原因是光照过强，二氧化碳浓度过高所致，应通风降温，同时改善光照条件，这种情况在高温棚平菇中经常发生。
珊瑚菇：菌柄细长，没有菌盖，在菌柄上又重复分叉，形如珊瑚，一般呈白色。这种病害的原因一般是由于光照很弱，通风极度不良。
豆芽菜形菇：菌柄细长，菌盖极小，形如豆芽菜。这种现象的发生原因是在平菇的催蕾期温度太低，基本持续在0℃左右，而且持续时间过长。预防的措施是，在平菇的出菇期，若遇低温，应设法采取正当的保温及提温措施。
子实体干枯：菇体从上向下干枯，不腐烂，无其它杂菌发生，这是因为空气湿度过低和培养料严重缺水，当这种情况发生时，应该及时喷水增加空气湿度，并往培养料里面注水增加含水量。
盐霜状平菇：子实体产生后分化很慢，在已经分化的菌盖表面出现一层像盐霜一样的东西，这是因为棚中的温度太低所致，一般黑色软柄平菇在气温低于4℃时就容易出现这种情况，解决的办法还是要注意保证菇棚温度。
