一般来说，菌棒腐烂应以预防为主，治疗为辅，并贯彻于整个栽培管理过程，下面进行具体介绍。
一 、选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮
二、严格按照食用菌栽培技术规程进行栽培管理
1. 合理布局品种。依照当地的气候特点，选择适宜的品种。
2. 搞好栽培场地和环境的卫生，废菌棒要及时清理；老菇场要喷洒杀菌杀虫剂，减少杂菌污染源，降低虫口密度。
3. 严格控制消毒药品的用量，以每立方米3-4克为佳，切勿超过6克。
4. 接种口用蜡或胶带封口，杜绝虫、菌从接种口入侵菌棒。
5. 刺孔通气要规范操作，铁钉直径要小于2毫米，孔深1-1.5厘米，选晴天刺孔，不在瘤状物处刺孔。
6. 合理治虫防病。选用高效、无副作用、无毒、药效长的菇类专用杀虫剂在第一次刺孔后喷洒一次，隔两个月后再喷一次，就能有效防治虫害，切不可使用敌敌畏等不宜在食用菌上使用的杀虫剂。
三、及时对烂棒进行“治疗”
发现菌棒腐烂现象后，要及时将烂棒拣出，另行堆放，以免菌棒间交互感染，并进行下述处理：
1. 用干净刀片切除腐烂部分，用克霉灵等杀菌剂擦洗病斑切口处和薄膜，然后将薄膜复回，用胶带封死，防止失水和虫、菌再次入侵。这一操作要在无菌条件下完成。
2. 在发菌初期开始烂棒的，应果断再次进行菌棒消毒接种。
