杂菌是生产中的大敌，必须提前认识预防，并有针对性的防治，才能保丰收。
从颜色上来识别：不同的微生物颜色是不同的，特别是常见的霉菌，者惧有不同颜色的分生孢子，这是简易区分的方法。
常见的青霉为青绿色，是发生最多的丝状菌，25℃以上均能生长，初期菌丝呈白色，逐渐成熟而出现绿色孢子，主要是接种时操作不严密或棉塞过湿所致，在高湿不通气环境中培养最易发生。
木霉为绿色，初期呈白色斑块，以后逐渐产生绿色孢子，菌块中央是深绿色，向外逐渐变浅，边缘呈白色，多发生于偏酸的环境中，25℃以上生长迅速。
曲霉与青霉相似，初期为白色，随成熟而呈黑、黄、绿色，28℃左右生长迅速。根霉开始呈灰白色蜘蛛状菌丝，以后产生黑色孢子囊，繁殖力很强，在培养基上全面繁殖，多发生于空气湿度大，料内含水量大，通风不良时。
毛霉菌丝白色较长，有的长达3～10厘米，菌落稀疏，易与食用菌相区别，菌丝生长较陕，多在高温、高湿、通气不良的条件下生长。
链孢霉的菌丝疏松，较长，白色，分生孢子梗双叉分枝；分生孢子单细孢，球形成链，红色或粉红色，常发生在淀粉基质上如玉米、玉米棒上。链孢霉经常发生在制种时的菌瓶内棉塞上，或培养料上，尤其在30℃以上高温高湿条件下发生最快。其他常见的细菌都是不具菌丝结构，一般在培养料面呈浓状物。
从气味上来识别：平菇菌一般都具有菇香味或杏仁香味。而各种杂菌都具有各自的气味，多数表现为酸、臭、霉和氨味，霉菌多为大同小异的霉气味，而酵母菌多呈酸臭味。其他产氨细菌则多表现为氨水味。
从培养料表面的拮抗线来识别：平菇菌丝和杂菌在生长过程中，两种菌丝的交界处，常出现一条洁白的白线，如同地图上的分界线，这条线就叫做拮抗线。通过这条线和接种部位、颜色、气味等条件即可识别哪一方是平菇菌丝，哪一方是杂菌，发生的杂菌是属于哪种类型。
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