畸形菇是平菇生产中较为常见的生理性病害，严重影响平菇的产量和质量，甚至完全丧失商品价值。这种病害主要是管理不当造成的，少数是由菌种退化、变异、病毒感染所致。具体介绍如下:
球形或烧瓶形:平菇菌柄呈球形或烧瓶形，表面不平或扭曲成波浪状，菌盖不能形成，只有很小的一点或有明显的冰凌状条纹。这是病毒浸染所致，可用病毒k、病毒a和消菌灵等喷雾或涂抹防治。
花椰菜形:平菇子实体原基不断增大，小柄强烈分叉，形成如同花椰菜状的半球形。这是栽培环境中二氧化碳浓度过高、空气湿度接近饱和所致，应加强通风，降低二氧化碳浓度和空气湿度。
珊瑚形: 平菇菌柄不长粗或不形成菌盖且继续重复分叉，结果形成珊瑚状，颜色为花白色。这是二氧化碳浓度过高和光照太弱所致，应加强通风，改善光照条件。
豆芽菜形:平菇菌柄细长，菌盖极小或无菌盖。这是菌盖形成时温度太低且持续时间过长所致，应在菌盖形成期增温保暖。
粗柄:平菇菌柄粗长呈水肿状，菌盖畸形，很小或没有。这是平菇子实体分化期遇高温、光照偏强和二氧化碳浓度过高，物质代谢受干扰，引起菌柄疯长所致，应通风降温，改善光照条件。
菇体皱缩干枯: 平菇生长瘦弱，子实体呈黄白色或淡黄褐色，菇体从上往下萎缩干枯。这是培养料缺水或空气湿度过小所致，应及时给培养料补水。
形状不规则: 平菇原基形成后，不分化形成菌柄和菌盖，而长成不规则的菌块，后期菌盖扭曲开裂并露出菌肉。这是敌敌畏、速灭杀丁等农药用量过多所致，应少用或不用农药。
高脚菇: 菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是在原基形成并分化期，由于菇房缺氧，光照不足，同时温度偏高，影响了菌盖的正常分化和发育。防治方法:加强通风，调节光照和温度。
瘤盖菇: 菌盖表现主要是边缘有许多颗粒状突起、色浅、菇盖僵硬，生长迟缓。严重时菇盖分化较差，形状不规则。原因是菇体发育温度过低，持续时间较长，致使内外层细胞生长失调。防治方法:调节菇房温度，在平菇生长最低温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
萎缩菇: 菇体初期正常，在膨大期即泛黄、水肿状或干缩状，而停止生长，最后变软腐烂。水肿状原因是湿度过大或有较多的水直接喷在幼小菇体上，使菇组织吸水，影响呼吸及代谢，停止生长死亡。干缩状是因为空气相对湿度较小，通风过强，风直接吹在菇体上，使平菇失水而死亡。或者培养基营养失调，形成大量原基后，有部分迅速生长，其余由于营养供应不足而停滞。防治措施:控制湿度在80~85%，不要向幼小菇体上喷水，不让风直接吹在菇体上。合理配比培养料成分。少数萎缩菇是由于菌种退化，症状是菌盖尚未长足够大即反卷、发黄、萎缩。
防治方法:选用优良品种。
蓝色菇: 菌盖边缘产生蓝色的晕圈,有的菇体表面全部为蓝色盖覆。
发生原因。菇房内采用煤灶加温,或者菇房紧靠厨房,由于煤炭燃烧时产生二氧化硫、一氧化碳等毒害气体,加上通风换气较差,造成菇体中毒,进而发生变色反应。
防治措施。冬季菇场增温措施宜采用太阳能、暖气、电热等方法,如采用煤火、柴火等方法加温,应设置封闭式传热的烟火管道,防止二氧化硫等有毒气体进入菇房。
水肿菇:现蕾后菌柄变粗变长,菇盖小而软,逐渐发亮或发黄,最后水肿腐烂。
发生原因:湿度过大或有较多的水直接喷在幼小菇体上,使菇组织吸水,影响呼吸及代谢。
防治措施:加强通气,增加菇体温差刺激;菇蕾期尽量避免直接向菇体喷水,采取向地面和墙壁喷水的方式,以保持菇房空气湿度。
空心菇:菌柄组织不充实,菌柄中心发白、中空。
发生原因:产菇旺期菇房相对湿度过低,粗土层过干,使菇体得不到充足的水分,菌柄中产生白心,甚至出现空心。
控制措施:加大喷水量,在子实体生长期,要将空气湿度调控在85%~95%;调节好粗土粒的温度,含水量以25%为宜,防止土层偏干而影响子实体的正常生长与发育。
光杆菇: 平菇菌柄细长,菌盖极小或无菌盖。
发生原因:由出菇期间低温引起的。而平菇菌盖的形成要求的温度较高,当菌柄在较低温度下伸长到一定高度时,气温仍在0℃左右,并维持较长时间不回升,菌柄表面有冰冻现象,虽不死亡,但菌盖不能分化形成。
防治方法:在子实体生长发育阶段,如遇0℃左右气温,要采取增温保暖措施,提高菇房温度。
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