杏鲍菇菌棒感染严重的原因主要有：1.原料里面掺了被杂菌感染的原料。2.灭菌时间不足，灭菌过程中出现停火断气。3.灭菌灶内菌袋摆放过多过紧。4.原料选用木屑、玉米芯等质地较硬的培养料时料没有吸透水，料内有生心，容易出现灭菌不彻底。5.在用压力锅灭菌时没有排尽冷空气，导致灭菌不彻底。
1.原料要选用新鲜、无霉变的原料，不能填加任何霉变原料。
2.在水开后要大火持续灭菌10～12小时。
3.灭菌灶内的菌棒排与排之间、排与墙壁之间留1厘米左右的空间。
4.用玉米芯、木屑等质地坚硬原料做栽培料时在拌料之前要提前用水浸泡到料内无白心。
5.压力锅灭菌时必须在压力达到0.05MPa时打开排气阀，充分排尽冷空气后再关闭排气阀灭菌。
关于杏鲍菇比较小的原因，首先跟品种有关系。现在主栽的品种主要分为棍棒状和保龄球状。保龄球状品种则长成的成品菇本身个体就比较小；如果品种是棍棒状的，但个体较小，很可能是没有进行疏菇蕾措施导致的。也就是说，杏鲍菇在原基分化后，在菌袋两侧长出很多菇蕾，但由于营养和空间的限制，这些菇雷大部分不能长成商品菇，所以必须进行疏蕾。具体来说要在子实体长至1.5厘米左右时，选位置好、菇形正的菇蕾并保留2个，其余的都要进行疏除。
