灵芝菌种菌种质量的好坏与灵芝的产量、质量有着极大的关系，优劣不同的菌种，其产量可相差30%-40%，子实体大小可相差一倍。
品种的种性与制种技术决定着灵芝菌种质量的好坏。种性决定于所用菌种的遗传性。不同菌株在相同的制种技术及培养条件下，其产量质量也会有很大差别的。种性决定后，菌种培养的好坏取决于制种技术。
菌种分离方法与分离部位
灵芝菌种分离有菌木分离、组织分离、孢子分离等多种方法，每种方法都可以获得灵芝菌种。菌木分离时，因菌丝生命力强弱难以测出，使所分离的菌种好坏难以掌握。孢子粉离时，因灵芝孢子具有4种性别，可产生多种方式配对而成的双核菌丝，由这些双核菌丝形成的子实体，其产量、质量、性状会很大的差异，必须经过选种才可应用。而组织分离时，肉眼能够观察到子实体的长长性状，可随意选取取优良的种芝；同时组织分离的菌种性状稳定。因此，生产上宜用这种方法获取菌种。
灵芝子实体的不同成熟阶段及子实体的不同部位上，其细胞大小，内含物（原生质、细胞器）多少及分化程度是不同的。幼小的子实体和长大的子实体，其细胞数量相差很小，而细胞大小相差很大，成熟子实体的细胞明显大于幼小子实体的细胞。子实体长孢子前，细胞大，其细非金属器、原生质含量也多。这种细胞萌发的菌丝生命力强，种性也好。灵芝菌丝和子实体很容易纤维化，纤维化的细非金属空腔很大，细胞质、细胞器含量比幼嫩子实体细胞还少。所以，灵芝组织分离时，应选菌蕾大，刚开始开片，子实体刚出现橘黄（开始纤维化）时分离。分离部位应选在菌柄基部和菌盖边缘之间的中间部位，即选取在中部菌管的止方而不是选取在菌柄和菌盖交叉的位置。
组织分离时所用割刀必须锋利，一刀割下就应把其分开，切忌反复用用力撕拉，伤害组织。接种针火焰灭菌后要冷却后方可使用。接种块大小为0.3厘米左右，不要太大，也不要太小。
搞好菌种扩大繁殖
灵芝菌丝暴露在空气中，尤其是在温度偏高或偏低的条件下，表面菌丝很容易纤维化。纤维化的菌丝细胞内含物少，空腔多，生命力弱，扩大分离接种后生长慢。多次用纤维化的菌丝分离、繁殖菌种，菌种会逐渐退化。所以，灵芝菌种除第一次组分离采用斜面试管培养外，以后的扩大繁殖都应用瓶装的木屑（棉籽壳）加玉米粉（米糠）的富含纤维素、木质素培养繁殖。用这种方式繁殖的菌种其菌丝在培养基内部，菌丝不会纤维化。同时，纤维素、术质素是一种迟效性培养基，菌龄即使较长(不超过两个月)也不会造成营养饥饿。
培育健壮菌种
要求每次分离、繁殖都不使菌种受到不利的损害，使之保持优良的菌种性状和旺盛的生长势。具体应做到:培养温度不要过高或过低，高温不超过30℃，低温不低于20℃；培养基配制要适宜菌种生长，含水量用手紧握时手指间稍有水迹即可； 使用菌龄不超过两个月；接种过程中防止机械伤、烫伤；分离、 扩大时，应弃去表面菌丝。
