(1)严格把好菌种关在确定生产用的优良品种以后，菌种是否被杂菌污染则是优质菌种最基本的条件。优质菌种可采用目测和培养的方法来确定。凡菌丝粗壮，打开瓶塞具特有香味，可视为优质菌种。有条件的，还应抽样培养，同时还可检查菌丝生活力。
(2)严格把好菌袋加工关塑料袋应选择厚薄均匀、无沙眼、弹性强、耐高温、高压的聚丙烯塑料袋，培养料切忌太湿，料水比掌握在1∶1.1～1.2；装料松紧适中，上下表内一致；两端袋口应扎紧，并用火焰熔结，在高温季节制菌袋时，可用1∶800倍多菌灵溶液拌料，防治杂菌。
(3)严格把好灭菌关常压灭菌应使灶内温度稳定在100℃，并持续8小时；锅内菌袋排放时，中间要留有空隙，使蒸气畅流菌袋受热均匀；要避免因补水或烧火等原因造成中途降温；从拌料到灭菌必须在8小时内完成，从灭菌开始到灶温上升到100℃不可超过5小时，以免料发酵变质。
(4)搞好环境卫生，净化空气使空气中杂菌孢子的密度降得最低，是减少杂菌污染最积极有效的一种方法。装瓶消毒冷却，接种、培养室等场所，均需做好日常的清洁卫生。暴雨后要进行集中打扫。坚持每天在空中、地面用0.2%肥皂水或3%～4%石碳酸水溶液，5%甲醛，1∶500倍50%的多菌灵水溶液及5%～20%石灰清水等交叉喷雾或喷洒，将废弃物和污染物及时烧毁或浸入药水缸，以防污染环境和空气。
(5)严格无菌操作
接种室应严格消毒；做好接种前菌种预处理；接种过程中菌种瓶用酒精灯火焰封口；接种工具要坚持火焰消毒；菌种尽量保持整块；接种时要避免人员走动和交谈；及时清理接种室的废物，保持室内清洁。
(6)科学安排接种季节必须根据香菇菌丝生长和子实体发生对温度的要求，科学安排接种季节。过早接种或遇夏秋高温气候，既明显增加污染率，又不利菌丝生长；过迟接种，污染率虽然较低，但秋菇生长期缩短，影响产量。接种以日平均气温稳定在25℃左右时为最好。
