在双孢菇生产中，由于菇房环境条件和培养料的不适以及管理措施不当，会影响菌丝和子实体的正常生长发育，进而影响产量和品质。
播种后菌丝不萌发、不吃料播种后菌丝生长不良，菌种不萌发、不吃料，只在料面生长及出现萎缩现象。这是由于菇房内的温度、通风情况及湿度不当等原因造成的。若培养料表面偏干，可及时喷过磷酸钙或磷酸二氢钾溶液；如料过湿则要加强菇房通风；当菇房内气温较高时要采取降温措施，使其达到适宜的温度范围：当菇房内有氨臭味时，要及时加大通风量，在培养料面戳洞，排除氨气。
覆土后菌丝体徒长播种后营养生长过旺，绒毛状菌丝生长致密，常冒出土面，形成一种致密的不透水、不透气的“菌被”层。主要是由于高温、高湿导致菌丝体徒长。防止菌丝“结被”的措施是当菌丝长出覆土层时，加强菇房内通风，降低菇房内温度、湿度，并及时喷“结菇水”，以利原基的形成。喷水不要太急，要在早晚凉爽时喷水。一旦发现菌丝徒长，要及时用小刀或竹片挑掉菌被。
覆土层菌丝退化覆土后3-5天菌丝不上土，呈灰白色，细弱，严重者料面见不到菌丝，甚至料面发黑，这是菌丝萎缩所致。原因是覆土后喷水过多过急，造成缺氧而使菌丝窒息萎缩。应立即停止喷水，加强通风，以利于菌丝恢复爬土。
薄皮菇子实体在生长过程中，因温度偏高，子实体生长速度快，加上出菇密度过大，营养供应不上，容易出现薄皮菇，其产量低，质量差。为避免这种现象，应在喷水期间加强通风，适当增加培养料和土层的厚度，加强出菇期间水分和温度管理。
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