母种的质量影响着金针菇的产量高低。正常母种的菌丝应该生长整齐，呈现淡白色或较浓白色，菌丝长满后应该呈现白色，菌丝较纤细。在保存母种时应该在菌丝快要长满时放入冰箱，不要待母种菌丝完全长满后才低温保存。若待母种菌丝完全长满后才低温保存，极易使母种在低温环境下快速现蕾，导致母种失去使用价值。在扩繁母种时应该选用没有现蕾的母种，如果母种现蕾，应该选用没有开伞的小菇蕾，完全开伞的母种应该坚决弃之不用，否则可能引起金针菇产量的大幅度降低。
原种的消毒灭菌 金针菇的原种制作可以采用高压灭菌和常压灭菌。高压灭菌一般采用高压锅，很多菇农在高压灭菌方面存在认识上的误区，认为压力越高、灭菌时间越长越好。其实不然，高压灭菌的关键在于锅体内的冷空气是否排尽。正确的做法是在加热开始就将高压锅的放气阀打开，待锅内水沸热气大量从放气阀排出时开始计时，小锅维持10-15分钟，较大锅维持20-30分钟，然后关闭放气阀，待升到1.5个压强时维持90分钟即可达到要求。常压灭菌是目前菇农普遍采用的方式，如果采用玻璃瓶制作菌种，灭菌的时间可以稍短，如果采用塑料袋制作菌种，并且常压锅内没有隔层，那么灭菌的时间就应该适当延长，总的原则是时间宁长勿短。
鉴别原种的质量 原种的质量好坏一般从菌丝上判断，质量好的原种菌丝浓白，气生菌丝明显，打开后有明显的蘑菇香味。若打开后有异味，菌丝黄白萎缩，应坚决弃之不用。在气温较低的季节，有的原种表面可能会有菇蕾，这类原种的质量没有问题，可以继续使用。如果用玉米粒作原种，在原种顶部及侧面可能会出现爆花现象，经验证明，这种原种一般是产量高而稳定的好原种，可以放心大胆地使用。
提倡用二级原种接种一般菌种可以做如下分级：母种是一级种，用母种繁殖的菌种是二级原种，再用二级原种繁殖的菌种称之为三级生产种。经验证明，用一级母种繁殖的二级原种直接接种生产金针菇，菌丝发育良好，成功率高，污染率低，后期的金针菇产量明显高、质量明显好。而用三级生产种接种生产金针菇，其各方面的表现都明显不如前者。究其原因，一是一级母种的纯化程度很高，菌龄很短，一般10天左右即可长成，没有隐性污染，不存在老化情况，用它接种的二级原种菌龄一致，再接种生产金针菇，效果自然很好；二是用二级原种再接种三级生产种时，如果挑选不严，极有可能选入带有细菌等隐性污染的菌种，极有可能造成细菌性污染的扩大化，严重影响金针菇的产量。建议广大菇农采用二级原种接种生产的方式。
