（一）常见的几种杂菌病害
1。细菌性根腐病病原菌为肠杆菌，欧文氏杆菌属，杆状，周生鞭毛。侵染初期，在培养基外表，菇丛中浸出白色浑浊的液滴。使菇柄很快糜烂，褐变成麦芽糖色，最后呈黑褐色，发黏变臭。产生根腐病的基本起因是把带菌的水直接喷到菇体上，因为菇丛很密，外表面积很大，呼吸作用很强，水分不能及时散失，就产生热量，病原菌便在适温条件下大批滋生生长，产生根腐病。防治的主要方法是，制止将水喷到菇体上。一旦发病，要立刻采收，对菌床进行喷施1多菌灵解决。
2。霉菌污染霉菌是金针菇的大敌。冬季生料栽培金针菇为害最严重的属木霉和青霉。
木霉有许多种，如绿色木霉、康氏木霉、多孢木霉等。易与青霉混杂发生，外观色彩略不同，青霉感染色较深，呈蓝绿色，而木霉色浅，多呈绿色或铜绿色。经培养后，用显微镜察看，木霉的菌丝有横隔，蔓延生长，形成平的菌落，菌丝无色，向上伸出直立的分生孢子梗，孢子梗再分支成两个相对的侧支，最后形成小梗，小梗的顶端有成簇的分生孢子。菇床上一旦发生木霉，会很快延长到子实体上。
青霉，在天然环境中散布很广，极易感染。条件适宜经1—2d孢子萌发成菌丝，并很快发育成白色菌丝体。初期难以鉴别，直到长出许多绿色孢子并在培养料外表看到形状不规矩、大小不等的蓝绿色污染区时，能力被发现。一旦发生蔓延极快。常发生在第一潮菇以后。
菌床上发生霉菌污染后，要尽快挖除带菌的培养基。加强菇床通风，出菇期间不要把水喷到菇体上，避免菇丛染上细菌病害并因为提高床温而诱发霉菌滋生。
（二）常见害虫菇蚊、菇蝇和螨类
这些害虫多发生在生产后期，因为栽培前期温度较低，不易发生这些害虫。防治的办法，是生产后期（菇房温度提高到18℃以上时），可预防性在菇房内喷施一些杀虫、杀螨剂。
（三）病虫综合防治办法
节制金针菇与杂菌的生长规律，采取一系列主动的生态防治手段。
1。低温栽培几乎所有的杂菌的孢子、芽孢或其休眠体，都要在24℃以上能力萌发。而金针菇菌丝体在7—11℃的低温条件下生长良好，加之金针菇又是低温巩固性菌类，因此金针菇具备低温栽培的条件。而低温栽培是防治病虫害的最重要手段。
2。低湿养菌金针菇菌丝在料水比1：0。5—1：0。9条件下仍能延续生长，在料水比为1：1—1：1。5时，生长较快，不易污染其余杂菌，而料水比达到1：2。1时，金针菇菌丝停滞生长，并全体污染杂菌。这是因为培养料水分过多，一则冲淡了菌体细胞原生质浓度，使之抵挡力下降，易染杂菌，二则培养料水分过多，会造成空气不足，使菌丝的呼吸作用受到抑制，导致菌丝早衰而染菌。所以在拌料时节制好料水比；菌丝生长期间，培养室空气湿度要适宜；出菇期间，不要将水喷到菇床上，这些低湿培菌办法可使菌丝生长茂盛，菇体生长茁壮，而杂菌得到节制。
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