1、品种不对路，温型不当。以最简单的平菇为例，很多菇农对品种的温型缺乏掌握，我们知道平菇也有高温、低温之分，炎热的夏天低温型平菇能出吗？灵芝在冬季没有好的保温措施能出吗？这些都是最基础的东西，菇农必须掌握。
2、菌袋污染现象严重。菌袋污染现象是菇农最闹心的问题，看到一堆堆污染袋，都感心酸，料涨价，菇落价，而污染的增高，造成菌袋污染的罪魁祸首主要是灭菌不彻底。在适宜的水分、温度条件下，菌袋内没有被杀死的杂菌开始繁殖，开始星星点点地分布在菌袋上，后来扩展成片。那么导致灭菌不彻底的原因有那些呢？
以玉米芯为主的培养料，一般颗粒很大，拌料时料块没有吸透水，料内有生心，不经过预湿很难灭菌彻底；无论常压灭菌也好、高压灭菌也好，如果在灭菌过程中没有排尽冷空气，灭菌锅中始终被冷空气占据一部分，导致热循环不良，也会造成灭菌不彻底；还有灭菌保证不了时间，灭菌时间不足，或在灭菌过程中出现停火，均会造成灭菌不彻底，灭菌锅内菌袋摆放过多过紧，均会出现灭菌不彻底的问题。
3、菌种不定植或菌丝生长缓慢。发生这种现象的原因很多，不排除有些菌种活力弱可造成菌丝生长缓慢。但多数原因是菌袋装料过紧或含水量过高（高于65%），菌袋内由于没有充足的氧气，抑制了菌丝的生长速度。当然发菌温度过低，且通风不良或培养料的酸碱度不适宜，也会造成发菌缓慢。菌袋灭菌后料袋没有充分冷却就急于接种导致菌种不定植现象也不少。还有培养室过于干燥，料面失水严重菌种也不可能定植好。
