１、菌盖斑点病：
自幼菇开始，菌盖上即“着生”黄色或黄褐色大小不一的斑点，其边缘大多整齐，也有不规则状斑点出现，该斑点随着菇体的发育而不断长大；斑点着生处，菌肉组织略呈僵化状态，影响口感及其品质，从而降低商品价值。该斑点病为细菌性侵染病害，发生原因多因喷水不当，使菌盖上附着水滴后，由于棚温低、通风差、水分蒸发量太小，水滴较长时间的覆盖，使得细菌趁机侵染，导致该表皮组织失色，形成斑点或斑块。该种斑点病对子实体的生长发育并无太大影响，主要是影响商品质量，降低商品价值，但是，作为一种侵染性病害，毕竟是病原菌在发生作用，因此，也应予以防治，否则，将会发生蔓延危害等问题。
２、幼菇萎缩、死亡：
幼菇刚刚完成分化时即开始发黄、变软，继而死亡，严重者在菌盖分化前的菇蕾阶段即已变色、死亡，至菌盖直径３厘米以上时仍有死亡现象，该类病症可由多种病原菌侵染，或者说，几种不同的病原菌均可导致该病症的发生，具体有以下几种情况：第一种，树枝状葡枝霉侵染后，往往在平菇菌柄基部发生白色菌丝，该菌丝的生长蔓延速度较快，适宜温度条件下３天～５天即完成对料面的包围或覆盖，继而包围子实体基部，并向菌柄方向延伸，染病子实体不发生畸形，也不形成病斑，随着病原菌菌丝的进一步扩大，菌丝蔓延至菌盖，使整株子实体失去活力，继之菇体变黄、变软、变褐，随后腐烂。第二种，侵染异形葡枝霉的子实体，与上述有相同的表现，但明显区别是无论在料面还是子实体上，直至菇体感病后死亡腐烂，也无病原菌的白色菌丝出现，并且，异形葡枝霉的生存温度条件要求较宽，１０℃以下亦可发生。第三种，当菇棚感染疣孢霉后，明显特征是子实体向畸形方向发展，菌柄变粗，尤其基部膨大速度较快，相对菌盖比例明显变小，继之变软、死亡，在菇体表面变褐并渗出褐色酱油状液体。疣孢霉病原菌侵染后的主要特征之一，就是死亡的菇体发臭，这是与其它真菌性病害的重要区别标志。该类病害的发生原因，一是栽培环境恶化，菇棚周围的地面以及土壤中有大量的病原菌存在，二是菇棚使用前未能进行彻底的消毒杀菌处理，一旦扣棚后，温度的适宜及水分较大而且通气性较差的情况下，病原菌渐趋活跃，加之栽培基料的营养相对丰富，给其繁殖生长创造了良好的物质条件，再者，由于管理的不到位，尤其日常管理中防范意识不强，给病原菌的蔓延危害留下了足够的时间和空间。
３、基体死亡、发臭：
自菇蕾开始，至幼菇、至成菇均有死亡现象发生，其表现顺序一般是菇体变软、发黄、死亡、变褐，直至腐烂并发出恶臭气味，严重时菇棚内臭不可闻。该病症除前述疣孢霉危害外，主要是细菌性侵染所致，病原菌主要是假单孢杆菌、托兰斯假单孢杆菌或黄色单孢杆菌或伞菌假单孢杆菌等，发生原因主要是温度适宜且稳定、湿度较高、通气性差。
４、菌盖边缘发白似有白色粉状物，形同灵芝的生长带。
自幼菇至成菇均有该种现象，稍严重者，菇蕾阶段即有明显表现，菇体发育迟缓，菌盖粗糙，菌肉组织紧密，菇体明显变脆，这是典型的低温条件下的生理性病害。众所周知，即使低温型平菇，其子实体的正常生长发育亦需５℃以上条件，但是，该温度只是子实体生长的下限水平，并不是最佳条件，一般低温品种（菌株）在１５℃时表现最好，如果棚温始终保持在５℃～１２℃的范围，有７℃的温差，则很可能发生该种现象。
