枝条菌种与传统的木屑菌种相比，具有制作技术简单、成本低廉、感染率低、菌棒发育良好、耐老化等优点。枝条菌种技术还可广泛应用在平菇、杏鲍菇、海鲜菇、白灵菇等菇类菌种制作上，效果一样好。现将枝条制作香菇菌种的流程与方法介绍如下：
选材备料
制作菌种可选用的枝条有紫穗槐条、荆条、竹条及栎木枝条等，但以紫穗槐条为最佳。以紫穗槐条为例，枝条砍伐宜在秋冬季节，这时枝条叶子落尽，含养分比较高，便于以后浸泡复水。应选用枝体细长均匀、直径约1cm的枝条，除去杂枝残叶后用切条机把枝条切成长约2.5cm的小段，枝条与刀不要垂直，使切口呈斜长形，以便于插入香菇棒接种。将切好后的枝条晒干放在编织袋中，扎口贮藏于通风干燥处，以备制种时使用。应经常检查是否发生霉变，如发生霉变应及时开袋晾晒。
菌种制作
1、枝条浸泡复水。把干枝条倒入池中，干枝条量约占池容积的2/3，然后用木板压盖枝条，上用重物压实，加清水至池满。浸泡约36个小时后检查枝条是否泡透。用锤子把浸泡后的枝条砸开，看其心中有没有干白碴，如有应继续浸泡，如无说明已泡透。去掉压覆物后加入少许生石灰搅匀以调节酸碱度，然后用竹筐将枝条捞出，沥水装袋。
2、装袋灭菌。可选用15cm×35cm的专用聚丙烯菌种袋，每个菌袋内装枝条90～100段。为杜绝感染，在菌袋外再加套一层菌袋。装满后把菌袋口纵向折叠后再折弯，用橡皮筋或塑料绳扎住，注意不要扎得太死，以免高温灭菌时袋内空气膨胀导致袋子被胀破。把菌种袋放到高压锅中保持2个气压高温灭菌约2.5小时，出锅冷却至常温等待接种。
接种与发菌培养
接种前将接种箱内清扫干净，用气雾剂灭菌15分钟后开始接种。接种时应把木屑原种挑成玉米粒大小的块状，但不要太碎，这样可使菌种更易于萌发。接种完毕后把菌种袋移入菌种空架上并排列整齐。春栽菌种在冬季制种，秋栽菌种在盛夏制种。室内温度应保持在24℃～27℃，要避免忽冷忽热，温差过大会影响菌丝正常生长，造成发菌缓慢。当菌种袋发菌至1/3袋时，要全面检查是否有杂菌，如有应及时拣出处理掉。发菌45天左右菌丝便可走满全袋。
