一、细菌性病害
1.斑点病 病菌在自然界分布很广，通过害虫及操作人员传播，在高温高湿下易发病，夏秋季发生较重。发病初期，菌盖出现黄褐色变色区，随即变成暗褐色凹陷斑点。防治方法：控制好空气的相对湿度，尤其在蘑菇生长后期，菇房湿度不要超过85%，避免菇盖表面积水和土面过湿，减少湿度波动。发病后用600倍液漂白粉喷洒。
2.干腐病 又叫干僵病。发病区蘑菇畸形，苍褐色，菌盖歪斜，菌柄基部膨大并逐渐萎缩干枯，失去食用价值。防治方法：主要是隔离，防止病区和无病区之间菌丝体连接。箱栽时，如果菇箱之间菌丝不相接，干腐病就不会传播；在菇床上，每隔一段用塑料薄膜隔开，也可阻止蔓延。
二、真菌性病害
1.褐腐病 又称白腐病、水泡病。病菌孢子通过覆土带入菇房，由空气和害虫传播。此病一般为菇房空气不流通或遇高温高湿时发病。特点为：在菇床上形成大量白色菌丝体，感病后，子实体菌柄肿大成泡状，严重时形成畸形菇，变为褐色，或形成菌盖菌柄不分的白色絮状菌球。防治方法：对覆土消毒。将覆土置于空室内，每平方米5毫升甲醛加3克高锰酸钾混合熏蒸24小时后，才能使用。菇床上若发现病菇，应立即停止喷水，通风降温至15℃以下，湿度不超过85%，在病区喷1～2%甲醛液。发病严重的菇床应更换覆土，烧毁病菇，将所有菇床用4%甲醛液消毒。
2.软腐病 病菌孢子多数通过气流和溅起的水滴传播，覆土过潮及低温高湿，易发生此病。若不及时处理，病菌便迅速蔓延，并变成水红色。子实体被感染后，逐渐变成褐色，直至腐烂。防治方法：减少床面喷水，加强菇房通风，降低土面和空气湿度。发病部位撒石灰或喷4%甲醛液，也可喷洒多菌灵或托布津或溃疡灵500倍液等。
3.褐斑病 又叫干炮病、轮枝霉病。病菌孢子常粘结成堆，主要通过溅起的水滴和菇蝇、螨类、人手、工具等传播。多发生在栽培后期，发病后，先在菌盖上产生许多不规则针头状的褐色斑点，以后斑点逐渐扩大，并产生凹陷，凹陷部分呈灰白色。病菇常干裂，菌盖歪斜畸形，菇柄出现剥皮现象。防治方法：严防菇蝇进入菇体；一切工具用4%甲醛液消毒；已发病的地方用500倍液多菌灵等喷洒。
三、生理性病害
1.硬开伞 蘑菇遇异常气候，幼嫩子实体提早开伞的现象叫硬开伞。一般在18℃以上，温差10℃左右，或在突然降温情况下发生。防治方法：在气温突变前做好保温工作，并增加菇房内空气的相对湿度。
2.畸形菇 形成的原因是覆土粗细不一，出菇部位低；菇房二氧化碳含量超过0.3%以及药害和病害、虫害形成。防治方法：注意覆土质量和通风，避免有害气体进入菇房；注意防治病虫害。
3.薄皮菇 整个出菇阶段都可发生。主要是菇房内温度忽高忽低，或床面通风过度引起。防治方法：高温时加强通风换气；低温或起大风时，菇房要保温保湿。
4.地雷菇 子实体着生在料内或覆土下部，菇形不圆整，这种菇质量差，出菇稀。产生原因是培养料过湿，料内混有泥土，菇房通风过多、温度过低、覆土过迟等，造成结菇过早，结菇部位过低。防治方法：培养料不能过湿或混进泥块；菇房适当通风；粗土调水后，减少通风，保持85%左右的空气相对湿度，促使菌丝向粗土面生长。
5.红根锈斑 发生于出菇后期，这时气温低，蒸发水分少，菌丝活力差，吸水能力较弱，出菇慢。如果水分过多或气候突然变化，料内酸度高，就会发生此病。防治方法：喷水要适当，料内酸度较高时要及时用石灰水调节pH值。
6.菌丝徒长 形成原因是通风不良，覆土表面湿度过大。预防方法：覆土后加强通风，降低温度和湿度以及二氧化碳浓度，抑制菌丝生长，促使子实体形成。对上面已结块的菌丝，及时用刀子划破，并喷水、通风。
四、病毒性病害
通过罹病的孢子和菌丝传播。菌丝感染病毒后，不能形成子实体；菌蕾感染病毒后，子实体发育畸形，或菌柄奇长，开伞极早，或菌柄弯曲菌盖特小，或菌柄下部尖削，或菌柄中央膨大成桶状、坛状，最后导致菇体萎缩干瘪成海绵状。严重感染病毒的菇床上，常出现大块无菇区。防治方法：发现病毒病后，蘑菇一定要在开伞前采完，防止病菇散发出来的孢子传播；用低剂量溴甲烷熏蒸全部培养床架；将所有用具煮沸消毒。如果发病和蔓延严重，根据病毒的寄生侵染性高度专一的特点，改变栽培种类即可杜绝此病。
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