食用菌菌种的质量直接影响着栽培结果，即产量的高低，是产生经济效益的关键因素之一。实际生产中，一些优良的食用菌品种往往用不了几代就出现菌种退化现象，很大程度上阻碍了食用菌产业的健康发展。菌种退化是当前食用菌生产中十分突出的问题，要最大限度地减缓或解决食用菌菌种退化问题就必须了解食用菌菌种退化的原因，从根本上防止菌种退化。
1. 食用菌菌种退化
1.1菌种退化
退化是一种变异，食用菌菌种退化是指在正常栽培条件下，食用菌菌种的优良性状及典型性由于菌丝体的遗传物质发生变异而在传代过程中逐渐丧失的现象。菌种退化不是某一次转代突然出现的，也不是短时间发生的，只有群体中退化菌丝在数量上占一定优势后，才有表现，是从量变到质变的渐变结果，需要较长的时间。食用菌产量和质量的下降是食用菌菌种退化的最终结果。
1.2 菌种退化表现
菌丝体生长缓慢、丛生，长势稀疏、尖端生长不整齐，整齐度下降，对环境条件（氧气、温度、酸碱度、二氧化碳）、杂菌等的抵抗力变弱，生活力衰退，品种变劣，出菇迟，产量降低，出菇潮次不明显等，但最终都是产量和质量连续性的下降。
2. 食用菌菌种退化的原因
2.1 菌种不纯
在菌种继代培养过程中，菌种试管或袋内含有其他种类的杂菌，不是只含有所需要菌种的菌丝体，不同菌种混杂交叉感染，不同菌丝体混杂在一起出现不良杂交，导致菌丝生长发生变异，原有品种生产性状的改变。
2.2 有害突变或感染病毒
菌株的菌丝细胞中发生有害突变，正常菌株一般不会导致遗传性状的改变，尽管经过多代移植，但突变体能适应外界环境条件，在菌丝细胞群中所占的比例会随着移接次数的增加而增大，造成菌株的生产性能恶化。菌种被感染病毒后，病毒一边通过带毒孢子传染下一代，一边随着菌丝体的扩大繁殖而增加数量，病毒粒子到达一定浓度，菌菇质量下降、明显减产。
2.3 培养环境不适合
培养环境不适合菌种生长，食用菌的生长环境包括：温度、湿度、通气、光照、PH值、培养基过于丰富或过于贫瘠等，其中温度对生物代谢的影响最大，也是菌种退化的主要环境因素，菌种会因极度不适的温度环境发生遗传特性的改变。如果以上条件不能满足菌种的生活要求，特别是温度条件不满足，将会造成菌种失去自我调节的能力，丧失应该具有优良种性。
2.4 品种退化
一个品种的菌株在使用过程中，不重视人工选择，菌株随着培养和使用时间的延长，由于菌龄增长逐渐发生一些自然突变，这些突变中不利的微型变异多，经常发生，发生表现型影响较大的突变频率低，表现出新陈代谢机能逐渐减低，抗逆能力丧失，失去高产性状。
2.5 转代次数过多
实际的食用菌生产中，采用不正确的菌种培养和制作的转代，转代的次数越多，引起食用菌菌种退化的可能性就越大。
2.6 孢子结实能力差
粉孢子、节孢子和分生孢子是母种菌丝阶段产生的，在条件合适的时候粉孢子等会萌发出不具有结实能力的菌丝，有的菌丝结实能力很差，和正常的菌丝继续转代后互相混合，整体从菌丝的外观基本没有任何的表现。
2.7 菌种保藏不当
食用菌生产离不开菌种保藏，菌种保藏期间的保藏方法不当，保藏温度过高、过低，保藏时间过长，都会引起食用菌菌种退化。保藏期间如斜面母种出现子实体，有菌盖形成的情况下，条件合适就会有孢子弹射到斜面上萌发出菌丝，有性繁殖和无性繁殖混在一起，食用菌菌种发生退化。
3. 防止食用菌菌种退化对策
3.1 防止菌种混杂，保证菌种的纯培养
要保持优良菌种遗传足够的稳定性，应加强品种隔离，在菌种转管工作中尽量防止和减少品种间的混杂，保证菌种的纯培养；不用被杂菌污染的菌种，不要近距离相连接培养菌种，不要用同一食用菌种类的不同菌株混合。
3.2 控制菌种传代次数，保证菌种活力
微生物都存在自发突变，而这种突变是在繁殖过程中发生或表现出来的，应尽量减少菌种传代次数，避免不必要的移种和传代，一方面可以减少机械损伤，保证菌种活力，另一方面可以减少菌种自发突变的概率，降低菌种发生衰退的机会。菌种传代次数越多，繁殖越频繁，产生突变的概率就越高，生产中菌种的移接代数不能超过5代，应严格控制，避免病毒杂菌或杂菌污染。及时淘汰病毒粒子含量大、受到严重影响的菌丝体及子实体。
3.3 做好菌种保藏，延缓菌种退化速度
有效的菌种保藏方法能确保菌种长期保持原有优良性状，延缓、遏制菌种老化和变异的速度。适当低温保存菌种有利于保存菌丝体的活力，高温型菌种在16℃下保存，低温型菌種在4℃保存。应采取短期、中期和长期三者相结合的方式保存菌种。根据不同的要求，低温保藏期间菌种应每隔2到3个月移接一次。
3.4 创造合适的生活环境，促进菌种健壮生长
菌种的生长繁殖是否良好受外界条件（物理、化学和生物变化）等影响较大，条件适宜，菌种生长良好，条件不适宜，则会引起菌种的退化。要给菌种创造生长的良好生活环境和营养条件，适宜的菌种培养基能使菌种生长健壮，营养过于丰富和不足对菌种生长均不利；适当调整、更换培养基，对因营养基质不适而衰退的菌种，有一定的复壮作用；在高温夏季，给培养基加加入适量的维生素E有延缓细胞衰老作用。
3.5 定期分离菌种，保持菌种优良性状
生产上无性繁殖可保持菌种的优良性状，而反复进行无性繁殖会使菌种的优良性状不断衰退；有性繁殖所产生的孢子具有丰富的遗传特性，以组织分离（无性繁殖）来巩固优良菌株的遗传特性，以孢子分离（有性繁殖）来发现优良菌株，将有性繁殖和无性繁殖有计划的交替使用，定期进行菌种分离，可使衰退品种得到恢复，是防止菌种衰退的有效方法。孢子分离3年进行一次，组织分离最好每年进行一次。新分离的菌种必须符合要求才能用于生产。
