香菇菌种通常分为三级。用香菇的孢子或子实体组织分离培养出来的第一次纯菌丝体称为母种，也称为一级菌种；将分离培养到的母种用试管扩大菌种，将其接种到木屑培养基上培养出来的菌丝体称为原种，也称为二级菌种；用于栽培的为栽培种，也称为三级菌种，它是通过二级菌种再次扩大到木屑培养基上进行繁殖、扩大面积栽培需要，这样培养出来的称为栽培种，一般来讲，每瓶原种可接种栽培种60~80瓶。
分离培育母种较实用的培养基，有以下几种配方可供参考：
配方1：去皮马铃薯250克，葡萄糖或蔗糖25克，琼脂或洋菜20克，清水1000毫升。
制作方法：选择质量好的马铃薯洗净去皮，若已发芽要挖去芽及周围小块后切成薄片，放进铝锅加入1000毫升，煮沸30分钟，用4层纱布过滤，提起汁液，若滤汁不足1000毫升，则要加水补足，然后将浸水后的琼脂加入马铃薯汁液中，继续文火加热至全部融化为止。加热过程中要用筷子不断搅拌，以防溢出和焦底，最后加入葡萄糖并调节酸碱度为ph值5.6，趁热分装入试管，塞上棉花塞。
配方2：黄豆粉40克，葡萄糖20克，琼脂20克，清水1000毫升。
制作方法：将黄豆粉加冷水调成糊状，再加水至1000毫升，搅拌均匀后，文水煮沸20分钟，用4层纱布过滤取汁，再把琼脂葡萄糖等加入全部融化后，分装入试管，操作方法同前一种。
配方3：玉米粉60克，蔗糖10克，琼脂20克，清水1000毫升。
制作方法：把玉米粉加冷水调成糊状，再加清水500毫升稀释煮沸20分钟，用纱布过滤取出液汁，另将琼脂加500毫升清水煮沸液化，然后将两液混合后分装入试管。
配方4：去皮马铃薯200克，琼脂20克，磷酸二氢钾3克，葡萄糖20克，清水1000毫升。
制作方法：与第1种配方相似，不同的是此法将磷酸二氢钾同葡萄糖一起加入，文水煮溶后，趁热分装入管。
配方5：干麦芽250克，琼脂15克，清水1000毫升。
制作方法：将甘麦芽粉碎成细末加清水倒入锅中，以60~65℃不超过70℃的温度加热1~2小时使之糖化，然后抽取少量用碘液检查是否残留淀粉，如含有淀粉糖脂会变蓝色，这时应继续加热至蓝色完全消失，糖脂的浓度以10~12%较为实用。煮沸后应立即用纱布过滤去渣。滤液不足1000毫升时应加开水补足，然后加入琼脂溶化后分装入试管。
配方6：木屑200克，米糠100克，硫酸铵1克，蔗糖10克，琼脂20克，清水1000毫升。
制作方法：将适宜栽培香菇的木屑和米糠一起放入铝锅，加水煮沸30分钟，过滤取出汁液，再用热水补足1000毫升，加入琼脂，继续加热至全部溶化。然后加入已溶于少量水的蔗糖和硫酸铵，混合以后分装入试管。
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