食用菌的菌种制作是食用菌栽培前提，纯度高，生命力强的菌种是食用菌栽培取得丰产优质的先决条件，菌种质量的好坏，不仅关系到一个菌种生产单位的信誉和经济效益，而且更关系到广大菇农的栽培效益。
生产优质的菌种首先依靠优质的当家菌株和优良的设备条件，培养条件，此外更需要依靠具有水平的食用菌遗传育种知识，生理知识的制种技术人员。并且这些人员在工作中要具有严谨的工作态度和认真细致的工作作风，并就菌种生产计划，操作标准化，菌种检验和质量标准作业具体规定。为此根据食用菌菌种管理条例生产1-2级菌种生产单位必须经农业主管部门批准，3级(栽培种)菌种生产单位必须经县级以上农业主管部门批准方可。
1.菌种级别和种型：
(1)菌种分级：原种，是指用于繁殖培养食用菌出发菌株。作为生产上使用的发出菌株，不管是何种来源都要经过严格的栽培试验，掌握菌株的基本生物特性方可投入大面积使用，原种常用玻璃试管斜面培养，这种培养方法具有观察方便，容易鉴别和易于保存的优点。
二级种：由原种扩大培养而成的菌种，这一级菌种是为了加快食用菌繁育进度，满足大面积时生产栽培种的需要，在培养时应当认真检查菌丝的纯培养程度和菌丝长势，保持纯种培养，制作所用的容器要求使用透有度好的玻璃瓶。
三级种(栽培种)：是直接用于生产栽培的菌种，由二级种扩大培养而成，常以菌瓶或菌袋作为容器。
(2)菌种的种型
木屑种：以适宜某种食用菌生长的木悄作为培养基主要原料生产的菌种。木生食用菌的栽培种常用这种种型生产，如香菇、木耳用阔叶树木屑。
粪草种：以适宜食用菌生长的粪草经过发酵或不发酵作为培养基的主要原料生产的菌种，如双孢蘑菇栽培种用麦杆或稻草加牛粪发酵后为培养基；草菇稻草为培养基。
麦粒种：以大、小麦作为培养基生产的菌种，由于大、小麦营养较为丰富，容易污染杂菌。因此这种种型菌种的制作过程要求麦粒的含水量适度，灭菌要彻底，接种环境无菌条件严格，麦粒种生命率强，播种速度快等优点，但易发生鼠害。
(3)栽培种的质量鉴别
栽培种鉴定的重点是判断是否污染了杂菌，凡菌种瓶(袋)中出现红、黄、黑、绿等颜色的孢子群落，或者菌丝生长速度特别快，瓶壁出现两种以上明显不同的菌丝组成的分割区，瓶内散发出酸、臭等异样气味，都是杂菌污染的表现，应予以淘汰，以下根据菌种外观形态、长势、菌龄等判别栽培质量的优劣。
1.香菇菌种：优良菌种：菌丝白色、粗壮、尖端整齐，生长旺盛，后期料面出现酱油色分泌物，在表面结成一层棕褐色菌皮，很少产生厚菌被，菌龄40天左右。
老化菌种：菌丝柱若与瓶壁脱离并开始萎缩，表面菌皮增厚，瓶底出现黄色沉积。
2.平菇菌种：优良菌种：菌种洁白、粗壮、密集，尖端整齐，长势均匀，呈绒毛状向下延伸，气生菌丝爬壁力强，后期有少量珊瑚状小菇蕾出现，菌龄25天左右；老化、污染菌种：若培养基上方出现大量珊瑚状原基或在缝隙外长出子实体，说明菌龄较大；若菌丝在瓶中稀蔬或成束状，发育不均匀，生长缓慢，可能是培养基过干过湿或培养温度过高所致；若培养基干缩，瓶底有黄色或红色积液说明菌种正老化；若培养基中出现霉菌，拮抗线等，说明菌种已污染。
3.木耳菌种：优良菌种：菌丝洁白、粗壮、尖端整齐，生长均匀。菌丝长满袋后，一般不出现淡褐色色素，培养后期在瓶壁周围或表面出现浅黄色透明的胶质原基。菌龄40天左右；老化菌种：瓶(袋)内菌丝干散或培养基收缩，有黄色液体沉积。
4.蘑菇菌种：优良菌种：气生型品种，气生菌丝结白。基内菌丝淡，尖端整齐，呈扇形生长，气生菌丝多，有特有菇香，匍匐型品种，菌丝巾附生长辐射状、线束状、灰白带微蓝色，不易形成菌液，菌龄粪草栽培种50天左右，麦粒栽培种45天左右；劣质菌种：凡菌丝萎缩，有大量黄色积液或严重徒长，以及有绿色、黄色、黑色或橘红色等杂菌胞子；出现许多发黄的菌丝或局部菌丝已萎缩，色泽暗淡的菌种。
5.草菇菌种：优良菌种：菌丝密集，分布均匀，呈灰黄色半透明，有金属暗红色的厚坦孢子，菌龄25天左右；劣质菌种：瓶(袋)表面菌丝凋落，萎缩，或有退菌现象，变黄产生水样液体，有腥臭味。
6.猴头菌种：优良菌种：菌丝白色，浓密，粗壮，尖端整齐，上下内外一致，在培养料上易形成子实体，菌龄30天左右；劣质菌种：菌丝长势弱，菌丝萎缩，瓶(袋)底有黄色分泌物，料面无子实体发生。菌被厚。
7.金针菇菌种：优良菌种：菌丝白色，尖端整齐，健壮，有时可见细粉状，后期常分泌出褐色水珠，菌龄45天左右；劣质菌种：菌丝生长细弱、稀疏，瓶壁出现大理子实体，菌柱收缩或菌丝自溶，产生大量红褐色分泌物。
