采收后的金针菇，生命活动仍很旺，容易老化和变味。因此，采收后应及时上市鲜销，或者尽快切根分级，用塑料袋包装保鲜，或者干制加工，或者罐藏。
准备进行保鲜贮藏的金针菇，采收前3天应偏干管理，且适当提早1～2天采收。采收后切根分级，整丛单层摆放，然后用聚乙烯保鲜袋包装。每袋装500～1000克，密封后置4～6℃阴凉通风处。此法能避免菇体褐变，保持菇体新鲜，可储存10天左右。但要注意，包装后不可过于挤压堆码，以免菇体发热或压伤、变形、变质。
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