一、生态治理
环境条件适宜程度是食用菌病虫害发生的最重要的诱导因素。根据栽培的食用菌种类的生物学特性，选择最佳的栽培环境，并在栽培管理中采用符合生理特性的管理方法，这是病虫害防治的最基本治理技术。选用抗病虫性、抗逆性强的菌种，并通过适当加大播种量，可增强抗病虫能力。
1.注意环境卫生
搞好环境卫生是有效防治多种有害生物的重要手段之一，也是其他防治技术获得成功的基础。做好日常清洁卫生工作，将废弃物和污染物及时烧毁或深埋；及时清理周边环境中的杂草、积水及各种有机残体，避免病虫滋生；避免使用不清洁的污水；控制栽培场地人员流动。此外，每一季栽培结束后，应彻底清理菇场。
2.科学设计栽培场
要创造有利于食用菌、不利于病虫害发生的环境，一般把原料库、配料厂、肥料堆积场等感染区，与菌种室、接种室、培养室、出菇棚等易染区隔离，防止材料、人员、废料等从污染区流动到易染区。因此，培养室应与菇场、菇棚分开，以减少培养期污染。
二、物理防治
病虫害均有各自的生理特性和生活习性，利用各种危害食用菌的菌类、虫类的这些特性，采用物理的、非农药的防治，也可取得满意的治理效果。
1.配料要慎重合理
选用新鲜、无变质的原材料；配料时勿添加过多糖、粮类营养，拌料时要求偏弱碱性。严格灭菌操作，避免灭菌不彻底造成的批量污染。
2.完善菇场设施减少蚊蝇介入
菇场的门窗要安装防虫网、纱窗等，出入菇房随手关门，防止蝇、蚊成虫飞入产卵。
3.选择适宜的温湿度
选择适宜的温湿度能促进菌丝的生长发育。在菌丝生长期间，温差过大或过高都不利于菌丝的生长。如链孢霉的特性是喜爱高温高湿的生态环境，把栽培环境控制在湿度70%以下，温度控制在22℃以下，链孢霉可迅速受到抑制，而许多食用菌丝生长又不受影响，这也是无公害治理的好方法。
4.根据某些害虫的生理特性进行防治
利用某些虫害的趋光性，可在夜间用灯光诱杀。利用害虫对食物、气味的特殊嗜好，可用某些食物拌入药物进行诱杀。
三、生物防治
生物防治是利用某些有益生物，杀死或抑制害虫或害菌，从而保护栽培的食用菌（或农作物）正常生长的一种防治病虫害的方法，即所谓以虫治虫、以菌治虫、以菌治菌等。
食用菌病虫害生物防治的主要作用类型有以下三种。
1.捕食作用在自然界，有些动物或昆虫可以以某种（些）害虫为食料，通常将前者称作后者的天敌。有天敌存在，就自然地压低了害虫的种群数量（虫口密度），如蜘蛛捕食蚊、蝇等，蜘蛛便是蚊、蝇的天敌。对蘑菇害虫的防治而言，双革螨能捕食线虫，而类寄螨与窄株螨的食性都很广，能捕食尖眼菌蚊、瘿蚊和小杆线虫等。
2.拮抗作用 由于不同微生物间的相互制约；彼此抵抗而出现一种微生物抑制另一种微生物生长繁殖的现象，称作拮抗作用。利用拮抗作用，可以预防和抑制多种有害菌。在食用菌生产中，选用抗霉力强的优良菌株，就是利用拮抗作用的例子。
3.占领作用 栽培实践表明，大多数杂菌更容易侵染未接种的培养料，包括堆肥、段木、代料培养基等。但是，当食用菌菌丝体遍布料面，甚至完全“吃料”后，杂菌较难发生。因此，在菌种制作和食用菌栽培中，常采用适当加大接种量的方法，让菌种尽快占领培养料，以达到减少污染的目的。这就是利用占领作用抑制杂菌的例子。
