1.平菇。菌丝洁白、浓密、粗壮，呈绵毛状，有爬壁现象的，为优良菌种。如用木屑培养的菌种，被分解的木屑呈淡黄色，并有少量原基出现的，为优良菌种。若菌丝稀疏或呈束状，棉籽壳培养基呈暗红色，木屑培养基发白，菌丝脱离瓶壁并萎缩，菌瓶基部有黄色积液，或培养料表面出现霉点的，均为劣质菌种。
2.木耳。菌丝洁白、粗壮、整齐、均匀的，为优良菌种。若菌丝稀疏，可见培养料颗粒;在菌丝满瓶之前出现原基;菌瓶基部出现淡黄色积液的，均为劣质菌种。
3.金针菇。菌丝洁白、粗壮，或外观呈细粉状，生活力强，后期在培养料上呈丛出现子实体的，为优良菌种。菌丝不能向下深入生长，出现吐黄水现象的，为老化菌种，不能使用。
4.香菇。菌丝洁白，呈绵毛状，生长均匀，无厚菌被，易形成原基者为优良菌种。瓶内菌丝稀疏，菌丝脱壁，萎缩，菌被变褐，为退化菌种或老化菌种。
5.草菇。菌丝呈白色、透明状的，为幼龄菌种;菌丝呈黄白或灰白色、透明状的，为适龄菌种;菌丝浓密如菌被，上层菌丝萎缩的，为老龄菌种。过嫩过老的菌种都不能用于栽培。
6.蘑菇。菌丝灰白，微带蓝色，细线状，没有黄白色菌被的，为优良菌种。菌丝淡黄色，萎缩，或瓶上部菌被过厚的，为劣质菌种。
7.猴头菇。菌丝洁白、粗壮，上下分布均匀，在培养基表面易形成子实体，子实体肉厚，菌刺长的，为优良菌种。菌丝稀疏、纤细，分布不均匀，或菌丝未发生过半即有原基出现，或瓶底积满黄色粘液的，均为劣质菌种。
