一、高温烧菌。播种期气温高，培养料过厚，发酵后料温未稳定下降等原因，培养料内温度高于30℃。
防治方法：蘑菇的播种期要避开高温期，播种时料温应稳定在25℃以下，播种后发现菌丝因高温而萎缩，应重新翻堆通风，再调节好培养料的湿度、重新播种。
二、料内有氨气。建堆时氮肥添加量过多，或氮肥加入过晚（后期翻堆时才加入），菌种播种后，培养料内存在氨气。
防治方法：培养料添加尿素等化学肥料时，一是要在建堆时加入，二是要适量。发现料内有氨气，及时打开门窗，并喷2%甲醛液进行翻料，待无氨味后，再重新播种。
三、培养料过干。播种时培养料偏干，若气候又干燥，曹丝萌发后吃料生长缓慢，细弱无力而萎缩。
防治方法：可采取料面覆盖一层湿稻草（用0.5%石灰水浸湿），能使菌丝重新萌发吃料。播种遇到干燥天气，播后3天关闭门窗。采用层播加封面播种法更好。
四、料水分过多。培养料含水量过多，覆土后又遇高温，或高温时喷重水，而又没有及时通风，使菌丝因供氧不足、活力下降而萎缩。
防治方法：堆料时注意控制水分，若翻堆时发现料含水量过高，应摊开略加晾晒再行堆制，发酵好的料含水量以60-65%为宜。后期喷重水引起的苗丝萎缩，进行通风后，菌丝可恢复生长。床面覆土层总厚度不要低于4-4.5厘米。
五、菌种质量差。购种途中菌种受热，降低了菌丝活力；菌种没能及时使用，菌种老化，生长势变弱，播种后再遇不良环境，都会导致苗丝萎缩。
防治方法：选择适宜的培养料培育菌种，菌种应菌丝粗壮、萌发力强；购种时避开高温天；不用老化的菌种播种。
六、虫害。主要害虫是螨类，前期出现肉眼不易看到，主要危害菌丝，使菌丝断裂而萎缩，在堆肥和覆土中都能带入害虫，会造成严重危害。
防治方法：螨类的产生与培养料、覆土、菌种等都有关，故要进行综合防治。做好培养料的后发酵，覆土要进行杀虫处理，菌种在播种前1天用敌敌畏熏蒸等。另外，在播种前向料内撒保菇粉能起到有效的防治作用。在栽培中发现螨，及早用药剂防治。
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