检查母种是每一个食用菌母种制作人员必须的工序之一，从菌种萌发开始每隔48小时就应检查一次。检查母种必须具备的前提是必须对该品种的特征特性有明确的了解，主要关注点是生长的适宜温度、正常的长速和长相、适宜的培养基。并且使菌种处于标准环境条件下。这是因为任何品种的母种特性特征的所有数据都是在其一定条件下和最适条件下取得的。比如培养基不同，温度的不同，菌种的长相和长速就有着显著的差异。以平菇为例，使用普通综合PDA培养基时，多数品种菌落洁白舒展，一周即可长满斜面，但用加富培养基（杨树皮浸出液）则气生菌丝十分旺盛，菌落大大加厚，长速比普通综合PDA培养基快24小时。在检查母种时，一定要光线充足，霉菌还好说很容易观察，关键是细菌，很小的一个乳白点（类似于鼻涕）稍不注意就被菌丝生长掩盖，光线不足时，很难检出。另外特别注意棉塞别潮湿，有时在试管里面棉塞处容易出现霉菌菌落，需细心观察，稍不注意就容易造成生产中的隐患。 不论母种的生产量有多大，培养期的每次检查都要逐一进行，不能只看大概。任何种类，任何品种，一旦忽视检查，杂菌被食用菌菌丝掩盖，都无从鉴别。 对那些菌种萌发不正常，生长过慢，生长不整齐，杂菌污染的母种应查明原因，及早淘汰。
