1.1 贮藏特性
双孢菇的含水量很高，易失水导致耐贮性降低。同时它们代谢旺盛，要在5℃低温下存放，温度过低时又容易发生冷害。不同生长期采收的双孢菇的呼吸强度不同，而且双胞菇开伞后很容易衰老，不耐贮，要在开伞前采收，并要及时冷却。气调对贮藏效果的影响很明显，多采用小包装方法。双孢菇的另一个贮藏特性是容易褐变，减少机械伤和气调贮藏对减少褐变的作用明显。
1.2 采收及预处理
一般掌握的标准是：菇长到4cm左右、尚未开伞时采收。采前要将采收工具预先消毒。采收最好用小刀将菇体割下，直接放在塑料或竹筐中；每个筐不要放太满，筐底要衬垫塑料薄膜。从采收到出库上市的整个过程中；都要做到轻拿轻放。减少机械伤。采用边采摘边挑选的方法，减少在不同容器间的移动。去除残留的培养基，选用无病虫害、无霉变、生长正常的菇体作贮藏。蘑菇采收后及时降温对保鲜效果影响很大，一般可先在预冷库中预冷。可将筐平放在库的地面上，不要堆码，上面可不加覆盖。如收获量较大，在有条件的地方，可用真空预冷的方法；效果更好。蘑菇在短时间内进行降温处理，对菇体失水影响不大。但要求库的制冷量大，使蘑菇能在短时间内降到6℃。
1.3 贮藏条件
双孢菇的适宜贮温为5℃左右，相对湿度为80%-90%。
1.4 贮藏方法和管理
在能保证温湿度的冷库中，蘑菇能直接放筐中存放。蘑菇按上面方法进行预冷后，不必再次修整，可直接将筐码垛。在垛的表面覆盖厚度为0.06mm的塑料薄膜，减小水分的散失。这种条件下，可将蘑菇保鲜几天。这种方法可缓冲大量采收时的销售压力。
用气调贮藏方法可将蘑菇保鲜10d以上，将磨菇放在0.03mm厚的聚乙烯袋中，每袋放0.5kg左右，将袋口密封。如向袋内冲入氮气和二氧化碳，效果反而不好。条件允许时，可对袋内气体成分进行监测，掌握的气体成分范围是O2浓度为2%-5%，CO2浓度为10%-15%，必要时要放风换气。
