1、培养环境
温度、湿度、光照、氧气构成了食用菌生长环境，其中引起退化的最主要环境因素为温度，因为温度对生物代谢的影响最大，当菌种处于极度不适的温度环境中，菌种的遗传特性就会发生改变，丧失了应该具有的优良生产性状。
因此，母种培养、保藏、运输时，遭受高温、低温（比如零下）都极易引起菌种退化。
2、培养基
培养基的营养构成、pH值、培养基过于丰富或贫瘠都可能导致菌种退化。关于食用菌母种培养基，现有理论和教科书远远滞后于实际生产，所谓贫瘠与丰富培养基交替等理论，都是套用微生物学的理论和概念，在食用菌工厂化生产中并没有实际的指导意义。
3、转代次数
采用不正确的菌种制作和培养转代，容易引起菌种退化，转代的次数越多，引起“食用菌菌种退化” 的可能性就越大。
4、粉孢子、节孢子和分生孢子
对于在母种菌丝阶段，能够产生粉孢子、节孢子和分生孢子的品种，容易出现菌种退化，粉孢子等在条件适宜的时候会萌发出菌丝，这些菌丝是不具有结实能力的，或者说结实能力很差。继续转代后，和正常的菌丝互相混合在一起，整体从菌丝的外观有可能没有任何的表现，但是最后会影响到最终的产量和质量。
5、菌种保藏
菌种保藏的方法不当，保藏的时间过长，保藏温度过高或者过低，都可能会导致菌种退化，特别是在保藏期间，斜面母种出现子实体，子实体虽然不会长得很大，但是只要有菌盖形成，就可能有孢子弹射到斜面上，条件合适就会萌发出菌丝，形成无性繁殖和有性繁殖混在一起的情况，造成菌种退化。
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