青霉、木霉、绿霉和链孢霉:在培养料上,灵芝菌柄生长点和菌盖下面的子实层均易受伤害。青霉初期的菌丝为白色,松絮状,产生分孢后,为浅绿色或蓝绿色。木霉初期菌丝为灰白色或白色浓密棉絮状,不久便产生黄粽色、黑色或深绿色的分生孢子。绿霉的繁殖力强,在灵芝的发菌期被浸染后,菌丝生长受到抑制,严重时不能产生子实体。子实体被侵染后,严重时会腐死。
链孢霉在高温高湿的夏季危害猖獗,主要在培养料袋口和子实体根部及边缘蔓延极快,产生大量的桔红色粉状孢子。对于杂菌的防治,可选用克霉灵注射,子实体可用克霉灵加石灰擦洗或覆盖,严重时可以清除、火烧或深埋。