黄丝葚霉：即褐色石膏病，由丝葚孢霉侵染所致，是双孢菇栽培中的常见、多发病害之一。发病症状：初期在其发生部位长出白色斑点状霉状物，即是病原菌菌丝，病斑逐渐扩大和增厚，中央部分黄化，边缘继续外延性生长扩大，至成熟时，病斑表面似黄褐粉状物，如同滑石粉染色。该病菌与双孢菇菌丝争夺营养、水分及生存空间，致使菌丝生长困难，菇床中后期染病时，轻则出菇少，重则根本不出菇。其侵染途径为覆土材料或基料，也可随气流、人体、虫体进入菇棚，此外，基料pH值偏高时，有利于该病的发生并加重危害。防治措施为：正确处理覆土材料；正常调配基料，使pH值在8以下；推广二次发酵技术；发病后应彻底清除带病覆土，发病部位可撒施过磷酸钙覆盖，喷施50倍甲醛或5％碳酸溶液。
干腐病：幼菇阶段菌盖顶部发生褐色或浅褐色小斑点，随着子实体长大而逐渐扩大其面积，最后连片形成褐色斑块，使菌盖中部形成凹陷；病菌侵染至菌柄时，则在菌柄上形成褐色竖向条斑。染病菇体呈浅黄褐至灰白色，逐渐干缩，无异味。这是轮枝霉菌危害。轮枝霉大量存在于土壤棚体材料中，人体、工具及害虫也是病菌孢子的一般携带载体。一般防治方法为：严格处理覆土材料，加入牛粪、麦糠、稻壳等有机材料时，必须事先经腐熟处理；配制覆土材料后，用多甲溶液进行堆闷处理，以尽可能多地杀死病菌孢子或抑制其菌丝体的生长。播种后，应间隔3个星期一次对棚体墙面、地面以及进出口、通风口等喷洒800倍多菌灵溶液，并可在该药液中加入0．15％敌敌畏，顺便驱杀害虫。发病后，应及时清除染病菇体，刮除一层覆土后，及时更换处理后的覆土材料，并视发病程度配制30倍～50倍甲醛溶液和0．5％～1％漂白粉溶液予以交替喷洒，防止蔓延性危害。
水泡病：其菇体上的表面特征起初与干腐病相仿，但发病中后期则菌柄继续膨大，而菌盖停止生长（相对缩小），而后死亡，病菇腐烂，并有褐色水滴产生。一般认为是疣孢霉危害，发病原因主要是土壤带菌上床，有时基料也可从堆酵处带来病菌。因此应以控制覆土材料为主要手段。具体防治方法可参考上述。
褐腐病：褐腐病是双孢菇生产中危害较重的病害之一，在栽培生产的各个阶段均可发病，只是前期发病不被注意罢了。首先，病原孢子基数较高时，在双孢菇菌索阶段即可形成侵染，其症状表现为在床面形成白色绒状物，粗心的管理者可误认为是双孢菇气生菌丝，实际上这是有害庞孢霉的菌丝体及其分生孢子，后期绒状物渐变为黄褐色，表面有褐色水珠渗出，此时产生厚垣孢子，随之在细菌的共同作用下并发出臭味。其次在子实体原基分化阶段被侵染，则形成如同马勃状的组织块，该组织块前期为白色，后渐变为浅黄、黄色至黄褐色，表面亦有褐色油滴状水珠渗出，随后腐烂；此时扒开覆土，可见上层内尚有大块的组织块，甚至超过土层以上的数倍。第三易染病阶段是幼菇阶段，此时菇蕾刚刚完成分化，子实体已初具商品形态，菇体娇嫩，抗性较差，染病后则不能正常分化和生长，菌柄不断甚至超速膨大，菌盖则为僵菇态不再发育，菇体地上部分周身附有绒毛状菌丝，初为嫩白色，后变褐色，产生褐色液体，后子实体变软、死亡，直至腐烂、发臭。最后，子实体生长中后期染病，因子实体已基本长大，故不表现畸形，但菇体表面被白色绒毛状菌丝所包覆，随之变为褐色病菌斑，继之腐烂。防治措施除参考干腐病外，有发病历史的菇棚及地区，还应在进料前对菇棚进行蒸汽杀菌，一般75℃保持3小时～4小时即可；另可按每平方米1克～1．5克的用量喷洒施保功溶液。
斑点病：幼菇感病前期为浅黄色，继而褐变为浅褐至暗褐色，菌盖表面凹陷，斑点大小不一，后期菌盖裂开；成菇也可感病，感病严重时菌柄上亦有斑条出现，子实体不周正，被戏称为“歪瓜裂枣”。该病状一般为细菌侵染所致，土壤、基料、水中均可带菌，另还可通过人体及虫类带入菇棚。防治办法：参考前述有关内容，做好前期预防工作；控制较稳定的用水量及棚湿，后期喷水时，应注意通风，以使菌盖表面的水分迅速蒸发或吸收；控制相对棚湿在85％左右，一定范围内，随着湿度的降低，发病率明显下降；控制棚温，不使温差过大，以免菇体表面产生凝结水膜，给细菌生长留有适宜的条件；发病后，清除病株，日喷一次0．5％～1％漂白粉溶液，连喷2天～3天，注意喷药后及时予以通风；适量用药驱杀虫类。
褐斑病：其病状与斑点病基本相仿，但一般不侵染菌柄。但如同时伴随其它病菌侵入，则表现症状复杂，不一一表述。该病亦由细菌侵染所致，防治措施参考斑点病。
死菇：引起死菇的原因很多，如上述各种病症均可使菇体萎蔫、死亡甚至腐烂，但一些其它非病原菌原因也可引起死菇，如由于气候原因，使菇蕾或幼菇突然接受22℃以上的高温，或由于管理不善，在10℃以上的气温时揭去覆盖物使棚温骤升，或在较低气温时晚间忘记关闭通风口，使棚温骤降至8℃以下；或棚内通气严重不良，二氧化碳浓度偏高，菇床内的热量及废气无法及时散失和排除；或菇蕾发生密集，营养、水分供应不及；甚至在幼菇前期喷洒温差过大的清水时，幼菇或菇蕾也会因“感冒”而死亡，这与温差过大时人体感冒的道理相通。发生死菇现象后，应及时清理菇床，并认真分析原因，而后对症下药，任何盲目乐观或悲观的情绪或行为都对生产无益。
