1、菌种自主知识产权问题
现在大量栽培的香菇、平菇、双孢蘑菇、黑木耳、金针菇等，其中黑木耳具有知识产权，金针菇自主知识产权的优良品种也较多，其它种中自主知识产权的品种都很少。香菇、平菇等主要栽培种类的多数品种也是来自国外。其原因：
①没有国家投入。育种首先需要有原始材料，需要遗传背景广泛的育种材料，但是我国多年对食用菌种质资源的采集和分析没有过专门的投入，造成育种材料资源匮乏，现有资源也无财力进行种质遗传分析，难以利用，难于选育出优质品种。而日本鸟取蕈菌研究所在香菇自然发生季节全所出动上山采集野生种，多年来采集和保藏了大量野生香菇的育种材料，为日本的香菇育种提供了较为广泛的遗传背景，使日本的香菇育种走在了世界前列。我国食用菌育种研究，农业部只是1986—1995年间10年有近五十万元的科研投入，分散到4个科研单位承担，每年每家的经费不足万元，资金投入太少，做不成什么事。目前生产上较大面积推广的品种多数引自国外，少部分是地方和科研单位科技开发收入支持的结果，但是品种水平不高，品种应具备的基本三性，即特异性、一致性和稳定性都不足。经费投入的不足，导致难以选育出具有自主知识产权的高质量品种。多年来国家科技部门未有过食用菌育种和遗传方面的研究项目，有关应用基础研究几乎处于空白。
②政策问题。国家没有投入，国家和地方也没有鼓励政策，近10年我国食用菌年产值逾200亿，年出口创汇5—6亿美元，育种为产业发展作出了巨大贡献，可目前国家要科研人员自收自支，既没有事业费，又没有项目或课题经费保证，为了生存无法进行育种基础工作，使得育种水平难以提高。即使育成品种又没有有利的知识产权保护政策和措施，育成一个品种至少需要3年，每支菌种售价不过几十元，但一旦推广使用，菌种生产者无限繁殖，同时随意改名，冠以新名，并大做广告，严重冲击育种者的真正优良品种的销售，育种成本回收很慢，甚至收不回成本。这严重影响和挫伤了科技人员的积极性。由此造成如下菌种质量问题。
2、菌种质量问题
①品种的区别性、均一性和稳定性不强，造成栽培效果差，效益下降。
②同名异物和同物异名泛滥，性状不清，品种混乱，造成栽培损失。
③老化、退化和劣质菌种流入生产。由于菌种质量标记和检测技术研究的缺乏，无从监控，使菇农利益无保，产区菌种官司不断，甚至成为不安定因素。
3、菌种管理问题
虽然中央明确全国食用菌菌种工作由农业部负责，但由于20多年来，农业、供销、轻工、科委、外贸等多方管理，造成菌种难于统一管理。1996年农业部曾颁发了行业法规《食用菌菌种管理办法(暂行)》，但除福建、浙江、河南等主产区的主产县基本执行外，多数省、市、自治区都未执行，多数菌种场无营业执照、无生产许可证、无合格技术人员，设备简陋，手工作坊式生产，菌种质量难保。为了配合种子法的实施，规范食用菌菌种生产，提高菌种质量，保护菇农利益，最近农业部种植业司制定起草了《食用菌菌种管理办法》，正在各省征求意见，预计年底可出台实施。
4、建议。
①加大科技基础工作的投入，主要进行野生种质资源采集和分析、菌种质量及其标志和检测技术方法的研究，以提供可用性优质育种材料，选育出具有自主知识产权的优良品种，对生产用菌种进行有效监督，确保生产用菌种质量。
②加大菌种产业化高技术的投入，建立国家级或省级的规范化、工业化菌种场，提高菌种质量，引导优质菌种的使用。
③加大执法力度，严格菌种管理和质量监督，确保菌种质量。
