环境消毒新菇棚可以直接进入下一个环节，但室内培养要对房子内壁喷洒新洁尔灭消毒。用老菇棚做培养室时棚内壁要使用新洁尔灭消毒2～3次，地面在进行清污、整理以后要撒一层生石灰，然后再用新地膜铺垫。
接种前消毒反季节香菇主要使用开放式接种，接种数量大、效果好。当菇棒温度低于25℃时可以进行消毒准备。把握三个重点：一是准备好接种用的一切工具及种子，包括桌子、凳子、接种器、消毒液、棉花、口罩、套袖、拖鞋、剥种刀、碗、废物袋、消毒罩膜、消毒盒、打火机等，种子的用量要根据所需接种菇棒的数量确定，宁多勿少，避免因不够用而造成中途停顿；二是对种子外包装及接种用的一切工其进行消毒，方法是使用消毒液对种子外包装、工具进行清洗；三是烟雾熏蒸。用消毒罩膜将菇棒、种子、工具等全部罩好、密封，点燃消毒盒密封，保持时间为2:5～3.5小时。
接种在做好彻底的消毒工作以后，须安排人员进行接种操作。在反季节香菇开放式接种的操作中，需要9个操作人员。对每个人员的要求：干净卫生、洗头发、换干净衣服、剪指甲。接种前应在操作场地的入口处撒一层较厚的生石灰，在揭开消毒罩膜半小时后可以进行接种操作。接种前每个操作人员应戴口罩，两次消毒洗手。具体的操作应由专业技术人员进行现场指导，总的要求是保持安静，随时注意消毒，动作要做到快而准确，一次性做完，中途不可以停顿。
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