食用菌栽培是一系列复杂操作的工作程序，包括种菇选择、母种选育与保存、菌种制备、出菇管理及市场销售等，每个程序都有至关重要的细节操作食用菌栽培是一系列复杂操作的工作程序，包括种菇选择、母种选育与保存、菌种制备、出菇管理及市场销售等，每个程序都有至关重要的细节操作。但育种是这些工作中首要的一项工作，没有优良的菌种，不管其他工作程序准备及管理得多么好，都会造成减产或失败。
一、自然选育自然选育是最古老、最简便、应用最广的选种方法。它是先分离和收集各地的有关菌株，然后通过生产试验比较各菌株的生产性能，选留最优者。
为提高产量，要将引进的多个菌株，进行系统的栽培比较，特别是对各菌株的菌丝生长速度，对环境的抵抗力，出菇早晚，产量高低，菇形大小，香味浓淡，苦味程度等各方面进行了详细的评比，最后评选出优良品种。
只要我们经常注意菌种的选育，不断淘汰劣等菌株，选留优秀菌株，就能使生产丰收，质量稳定。
二、诱变育种诱变育种能大幅度地增加菌种的变异量，从而人们能从诱变后的群体中筛选优良菌株。常采用物理、化学等诱变剂来动摇菌种的遗传性，直接或间接地作用于核酸物质，能强烈地引起菌种的变异。诱变育种的诱变剂很多，常用的有紫外线、X光线、Y射线及硫酸二乙醋（DFS）、5-溴尿嘧啶（5-BU）、氮芥（Nm）、N“广甲基N”亚硝基胍（NTG）等。
诱变育种方法有三个步骤：一是准备孢子悬浮液，将新鲜的食用菌无菌孢子移入5毫升无菌生理盐水或磷酸缓冲液中，摇匀后即成孢子悬浮液。孢子悬浮液的浓度以每毫升含孢子106～109个为宜。二是诱变处理，用诱变剂处理如紫外线处理，诱变处理应在暗箱内进行，箱内装15瓦紫外灯1支，悬挂于30厘米高处，诱变处理时应先开灯20分钟，使波长稳定，然后将悬浮液倒入直径为6厘米的无菌培养皿中，打开皿盖，照射0.5～1分钟。照射后的孢子悬浮液每毫升所含的活抱子数约在105～108个。因此要得到单个菌落，必需先用无菌水将照射后的孢子悬浮液稀释1000～10万倍。然后取释释液0.2毫升涂布于装有琼脂培养基的培养皿上，在25℃下培养5～10天，这时就能在每个平板上得到数十个单菌落。选纯正、健壮的单个菌落移入斜面试管内，供进一步测定筛选。三是挑菌筛选，诱变处理只是扩大了它的变异范围，并不能决定变异的方向，所以诱变最大的困难是筛选，只有在大量的、各种各样的变异中，才能筛选到符合需要的变异个体。这样就需将诱变后的孢子经培养长出菌落后及时挑菌，选发育健全的单个菌落移入斜面试管内，一个菌落只接一支斜面，待外面长好后，再分别接入2～4瓶原种中，然后进行栽培试验，反复比较各菌落的生产性能，择优留取。
三、杂交育种杂交育种是培育菌种的有效手段。诱变育种主要是通过改变核酸分子而引起变异，而杂交则是通过2个或几个亲株的染色体片段的交换或重新组合而获得新性状的。进行杂交时，亲代必需有标记。凡同宗接合的食用菌，可用营养缺陷型来标记。营养缺陷型是指在营养特征上表现某种缺陷的变异菌株。它在不含氨基酸、维生素等有机物的基本培养基上不能生长。我们可以把2个不同品种的营养缺陷型混合接种在基本培养基上，如果它们能生长，即就意味着它们可能进行了杂交。对于异宗接合的食用菌，可以利用菌丝的性别来进行杂交，取来自两种不同品系的单孢子分离物混合接种在一起，经培养后，凡出现双核菌丝的组合，并能正常结实，就证明能杂交。通过杂交亲代的选择，就能得到融合亲代优点而除去亲代缺点的优良菌种，使生产水平大幅度地提高。
