由于银耳芽孢 (从银耳子实体上分离得來的) 没有纤维素酶和半纤维酶, 不能分解纤维素和半纤维素, 甚至也不能利用硝态氮, 对淀粉水解力也差, 因此它不能单独在培养基上生长。其生长发育必须有一种名叫“香灰”的真菌伴生着，这种真菌的子囊果为黑色颗粒, 在马铃薯、蔗糖等培养基上能产生黑色色素, 其分生孢子为黄緑色, 形似灰, 故名。香灰菌丝是银耳菌丝的伴生菌, 它对木材有分解能力, 能帮助银耳菌丝获得所需要的养料。
由此可见，在制作银耳各级菌种时，每支试管、每个菌种瓶、每个种植袋（甚至每个接种穴）中都必须让银耳菌丝（双核菌丝，又称白毛团或芽孢状菌种）和伴生菌香灰菌丝在培养基（料）中按比例、协调地生长，才能培养出有实用价值的，可以用于实际种植的有效菌种，这点不同于其它食用菌品种。
为了保证银耳菌种质量，科研人员首先把银耳双核菌丝"白毛团"、酵母状分生孢子"芽孢"、香灰菌丝（又称羽毛状菌丝、耳友菌丝）分别单独分开培养，分开保藏。只有到了制种季节才把两种纯菌种搭配起来，进行混合培养，制成生产上用的各级母种、原种或种植种供各地菌种场或种植者使用。由此可以知道，研究单位保藏的银耳菌种和生产单位使用的菌种是不同的。研究所用的银耳菌种，可以说是一种始祖菌种，是社会上一切生产种的老祖宗，育种学家们称之"原原种",是单一菌种的纯培养物。这些纯菌种供育种、研究专用，一般不对外供应。而社会生产用的银耳母种、原种和种植种则是双菌培养物，即把银耳菌丝或芽孢与香灰菌丝（子囊菌）同时接种在培养基中进行混合培养。这样的菌种一般只使用一次。否则在转管时容易人为地把双菌分开，使培养物中银耳菌丝逐渐减少，绝大部分剩下香灰菌丝而致使银耳种植失败。下面介绍银耳菌种的分离、制备及保藏技术：
分离技术：获得银耳菌种的方法主要有担孢子弹射分离法、组织分离法和耳木分离法。
1.孢子弹射法 这是利用新鲜的、成熟的子实体自动弹射出担孢子来获得纯菌种的方法。取朵大、色白、无病虫害的新鲜银耳作为种耳。
用无菌水漂洗银耳数次，再用无菌纱布或吸水纸，把银耳表面的水分吸干。因为耳片表面若有薄水层，便会影响银耳担孢子的弹射，并容易污染上杂菌。再把种耳切一小块，以放入三角瓶或放入试管中不会碰到瓶壁或管壁为度，随后用不锈钢小钩钩住小耳片，迅速悬挂在三角瓶或试管内，同时注意勿使种耳碰到培养基表面，以防污染杂菌，塞上棉塞，然后放在20-25℃条件下，经24小时，从耳片上弹射出来的担孢子，落在光滑的培养基表面上形成一个雾状的孢子印。此时，在无菌箱或无菌室中，将悬于瓶内的耳片取出，再塞上棉塞，移到20-25℃的室中培养，经2-3天，培养基表面就会出现许多乳白色、糊状的小菌落。此系银耳的酵母状分生孢子。当培养基上出现酵母状分生孢子的菌落时，为了防止和减少污染，应尽快地进行提纯，即挑取少许没有杂菌的银耳酵母状分生孢子，移入新的试管中进行培养。不管银耳担孢子或酵母状分生孢子都不容易萌发成菌丝，所以直接用于生产时有困难，目前已较少采用。不过，为了获得银耳有性繁殖的后代，必须采用担孢子分离法，并使之萌发成单核菌丝，然后进行配对实验。
2.组织分离法 和香菇、平菇不同，银耳组织分离法比较难操作，实用意义也不大。因为耳片一旦胶质化之后，就不容易再长出菌丝，况且段木种植的或野生的银耳，暴露在外界的生长时间很长，耳片上必定会附着各种杂菌，组织分离时既不容易把附着的杂菌洗掉，又不容易用药品进行表面的灭菌处理，且容易导致银耳和条菌同归于尽。只有位于树皮和木质部之间的肥厚的耳基比较容易进行组织分离，可以获得银耳的纯菌丝。不过用耳基分离来的银耳纯菌丝常是鹅黄色的或橙黄色的，不是纯白的，菌丝生长的速度也比较慢，效果也不太理想。
3.耳木分离法 利用长了银耳子实体的段木（简称耳木）来进行分离，是目前获得有实用价值的银耳菌种最主要的方法。
耳木分离法的主要技术是排除耳木中杂菌的干扰，防止分离时污染杂菌，必须把银耳菌丝和香灰菌丝单独分离出来。对初学者来说，耳木分离法是不容易掌握的，必须反复练习，直到掌握分离的要领。耳木分离法的主要步骤如下：
①耳木选择 在长第一、二批银耳时，取长耳最多，质量最好（尤其是片宽、色白）,杂菌最少的耳木一小段，作为分离材料。分离材料经风干，并用熏蒸剂驱虫（特别是螨）后，移入无菌箱或无菌室中进行分离。
②耳木灭菌 先把耳木锯成2-4cm厚的木轮，然后去掉树皮、耳基，放入接种箱（室）中，耳木表面用0.1%升汞水或70%酒精揩擦灭菌。技术熟练者也可以不经表面灭菌，就进行分离。
③耳木取种 通过耳基着生处把耳木纵切成两瓣。然后，在耳基着生处的正下方木材内部剃取极小的木屑粉末（不能用小木片，接种块越小，得到银耳纯菌种的机会越大，接种块越大得到香灰菌丝，或香灰菌丝夹杂一点银耳菌丝的机会越多）,接种在试管中的培养基表面。接种后，把试管放在20-28℃的室温下培养，数天之后接种块的周围就开始长出菌丝来。
④分离结果 由于分离的技巧不同，分离的结果也不一样。大致可以得到如下几种结果：
只得到银耳菌丝；只得到香灰菌丝；同时得到银耳菌丝和香灰菌丝，但香灰菌丝占绝对多数；得到银耳酵母状分生孢子和香灰菌丝。如果有杂菌干扰，分离的结果就更复杂了。
为了获得有生产价值的银耳菌种，在分离后的第3-7天内要天天观察，把银耳菌丝和香灰菌丝单独分离出来。
银耳菌丝的特征： 白色、淡黄白色以及由白色至黄色之间的各种中间色，气生菌丝直立、斜立或平贴于培养基表面，基内菌丝生于培养基里面。菌丝直径l.5-3微米，有横隔膜，有明显的（但不是每个横隔膜上都有）锁状联合，生长速度比一般蘑菇缓慢。在某些情况下，在培养基表面会出现缠结的菌丝团，并逐渐胶质化，变成小原基，长出小耳片。当双核菌丝开始胶质化时，在菌丝顶端可以发现有若干担子样的膨大细胞，这意味着双核菌丝已进入结实阶段。双核菌丝继代（移植）后或继续长出新的菌丝，或迅速胶质化，长出耳片，也可以变成粘糊糊的酵母状分生孢子（取决于菌株的菌龄、发育程度、培养基表面的水层，接种针热或冷，接种时手势轻或重等刺激）.由双核菌丝断裂成的"酵母状分生孢子"在适宜条件下变成银耳菌丝。
香灰菌丝的特征： 菌丝初无色，大量生长时白色，羽毛状， 常有特别细长的主干和侧生的略呈"羽毛状"的分枝，老菌丝变淡黄色，淡棕色，培养基逐渐由淡褐色变为黑色或黑带绿色。培养基表面的气生菌丝灰白色，细绒状，有时有碳渍的黑疤，分生孢子梗近扫帚状，分生孢子少见。若用木屑培养基，破瓶后可发生黄绿色至草绿色的近椭圆形的分生孢子。在段木表面可以产生扁平黑色的子座。已知香灰菌可能不是单一个物种，可能隶属于碳团属和碳豆属。有3-4种，其中有一种经鉴定初步认为是阿切尔碳团（Hypoxylon archeri）。
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