1、虫害（菇蚊、菇蝇）防治
发生原因及为害规律：菇蚊、菇蝇是香菇培菌期间最主要的害虫，培菌场所高温高湿、通风不畅和环境不清洁、浸染源多是其发生的直接原因。菇蚊、菇蝇繁殖力强、繁殖速度快、为害严重，其生命周期分为卵、幼虫、蛹、成虫4个阶段，为害方式：通过幼虫蛀食香菇培养料和菌丝体，进而导致培养料变黑、菌棒烂棒。
药剂防治方法：采用低毒、低残留的药剂溶液进行喷洒（除虫菊酯1000倍水溶液喷雾）、熏蒸（蚊香熏蒸；敌敌畏原液每立方米5克熏蒸），从菌棒掀膜散堆之前3天开始，或者刺孔通气之前3天开始，每隔1-2天喷药一次，连续多次对菌棒及培菌场所进行喷药杀虫。喷药期间务必注意人畜安全！
2、培菌场所清理整洁
清理上年度**菌棒和各类杂物，菇棚地面及四周洒石灰粉，架上喷石灰水，菇棚四周喷低毒、低残留农药，以减少病虫基数。
3、菌棒及早散堆
应在高温季节来临前，选择室内或室外通风散热较好的场所完成菌棒的散堆、移堆工作。一般安排在早晚时段散堆，要注意轻拿轻放，避免振动菌棒，室内散堆菌棒应呈三角形或“井”字形堆放，堆高3－5层，堆间要留有通风道，并保持门窗空气对流状态，以利通风降温。高温期间应停止菌棒刺孔排气或翻动菌棒，以防菌棒受振动，菌丝呼吸作用加剧而使堆温上升。
4、室外培菌菇棚的遮荫通风管理
（1）增加棚顶遮荫物，避免太阳光直接照射菌棒造成菌丝灼伤。（2）根据太阳走向，适时加强朝阳面遮荫、背阳面通风管理。（3）在菇棚四周挖沟排水，灌“跑马水”（流动力）以降低环境温度。
5、刺孔通气要适时、合理
及时刺孔通气能有效防止菌棒缺氧、增强菌丝活力、软化瘤状突起物、减少黄水及闷堆烂棒发生。接种口菌丝圈直径8-12厘米时 “放小气”；菌丝长满全棒一周左右时 “排大气”。 “排大气”需掌握四条原则：一是选择气温20～25℃的天气刺孔通气最佳（环境温度超过28℃时严禁刺孔通气）；二是分次分批进行，不能一个培养室的菌棒全部一次性刺孔通气；三是刺孔通气要加强通风和适当采取降温措施；四是含水量重的菌棒多刺孔和刺深些、含水量轻的菌棒少刺孔和刺浅一些。
6、及时翻灶
及时翻堆，对发菌异常（感染杂菌、培养料酸变后不发菌等）的菌棒尽早进行翻灶。翻灶时加入三分之一的新鲜培养料，并按每60棒加1斤左右的石灰（以降低培养料酸度），重新装袋后灭菌。高温期间使用袋装菌种（包种）接种，并套套袋。
7、高温越夏期间菇棚喷水降温
高温越夏期间若遇持续高温、晴热天气，可在菇棚顶或房顶上铺设微喷水管喷水降温，以喷雾状水为宜，喷雾时间根据气温高低来定，通过喷水，可使棚内温度降低2—5℃，同时加强通风排湿。注意：避开一天中的高温时段喷水！
8、菌丝长满全棒后的菌棒烂棒处理
轻度或局部烂棒的，可割开袋子用2％的石灰水或饱和的盐水对发生黄水或黑水的部位进行清洗（有腐烂物的部位先挖除干净）、浸泡、沥干。一端发生烂棒的菌棒，采用割棒—接棒方法处理。严重烂棒的，应及时搬离培菌场所，经堆制沤肥等处理后作为农作物物肥料。
