我国食用菌加工企业大部分属于食品加工行业范畴，有的也属于保健品和药品加工行业范围。目前为止，还没有专门的分类标准，从现有产品应用的目的不用，大体划分为食用性加工、药用性加工和储藏性加工3类。盐渍加工既是储藏性加工，又是食用性加工;保健食品加工，有食用和药用双重性。根据国内食用菌加工现状，分为以下5大类：
一、保鲜储藏
保鲜储藏也是一种加工方式，储藏的目的是保持鲜品生命，延长商品货架期。近年来市场出现了产品原生态和田园风味的消费新潮，它更使保鲜储藏加工成为一门大有前途的加工业。保鲜储藏分为低温冷藏保鲜、气调保鲜、真空保鲜、辐射保鲜、物理化学保鲜等不同方法。
二、脱水干制
脱水干制是食用菌干燥的主要加工方法。在大量产出鲜品的季节，市场容纳不下时，通过干制，解决鲜品产后问题。干制品易于储藏，达到季产年销、常年应市的目的。传统干制方法多为晒干，而现在主要采取机械脱水烘干和冻干两种，适用于香菇、银耳、猴头菇、黑木耳、草菇、金针菇、竹荪、大球盖菇等几十种产品。
三、调料渍制
渍制加工时我国加工蔬菜的一种传统方式，也适用于食用菌加工，它包括盐渍、糖渍、酱渍、糟渍、醋渍加工。以盐、糖、酱、酒糟、食醋等为腌料，利用其渍水的高渗透压来抑制微生物活动，避免食用菌在储藏期因为微生物活动而腐败。其中，盐渍加工是食用菌加工中广泛采用的方法，双孢菇、草菇、金针菇、大球盖菇、猴头菇、杏鲍菇、白灵菇，以及平菇、凤尾菇、鲍鱼菇等均适用。
四、罐头生产
食用菌罐头制品是我国具有传统特色的出口商品之一。菇品罐头加工，要有一套机械设备，生产工艺形成流水作业，产品比较规范。其中，双孢菇每年出口20万吨左右，创汇2亿多美元，是食用菌罐头出口量最大的产品之一。食用菌罐头加工，绝大部分为清水罐头，近年来研发了即食罐头，诸如银耳莲枣罐头、香菇肉酱罐头、白灵菇美味即食罐头等。
五、精致酿造
食用菌酿制加工属于深加工范围，它包括菇酒类、饮料、酱油、菌油、菇类味精、菇味火锅料、菇类蜜饯、膨化食品、菇类肉松、菇类面条、糕点;日用品类有菇类护肤霜、美容膏、美容膏;医疗保健品类有从菇类中分离提纯的有效药物成分，制成注射针剂、保健胶囊、片剂、粉剂、口服液等。
