食用菌的栽培是以农作物秸秆为主要原料，栽培食用的肥料（菌糠）中残留着大两的粗纤维、木质丝、菌丝体，这些菌丝体含有大量的蛋白质、氨基酸、碳水化合物、多中维生素和微量元素，通过物理与生物技术，可以加工成很好的饲料和优质的有机肥，形成农作物、家畜禽→秸秆、粪便→食用菌→菌糠→饲料、有机肥→农作物，家畜禽的食物链，有效地保护了农村的生态环境。
一、菌糠饲料
实用均具有较强的纤维分解能力，在早陪过食用菌后的废料中，粗纤维降解50%，木质素20%，而蛋白质含量由原来2%发提高到了6%-7%，致富也增加了一倍以上，而且易于粉碎，气味芳香，适口性好，提高了饲用效果。菌糠可直接喂猪、牛、羊、兔，也可按比例制成混合饲料。先介绍几种饲料配方及效果：1）猪料：食用加入菌糠饲料的猪，体重明显增长，抗病能力增强，且猪平均增重达50%；2）牛料：：菌糠竟晒干粉碎后，按一顶的比例作为奶牛饲料，可提高产奶率：3）鸡料：菌糠干燥粉碎后，按一定比例添加量，作为鸡饲料，可提高鸡肉氨基酸含量及产蛋率：4）鱼料：质量较差的菌糠饲料，经复配后可做为鱼饲料，可大大降低饲料成本。
二、有机肥
菌糠是农作物秸秆与化肥等复配料供食用菌生长的废弃物，内含丰富的有机质与微量元素，菌糠干燥粉碎后，添加其他物料配制成高效有机肥，用途广泛。
三、新型土壤改良剂
本剂可以改善土壤的贫瘠状况，有可以改善粘性土壤的团粒结构，死土壤稀松，增强土壤的通透性、透水性和保水性，并能增强土壤肥力，防治病虫害。使用时，可视土壤的团粒状况和贫瘠情况而增减用量，一般每亩使用10公斤左右，也可做基肥。
以上项目的生产投资小，设备简易，生产周期短，经济效益高，是一种答、平、快的农村产业，也可以采用工业化生产质量更优的生物饲料，生物有机肥及新型生物土壤改良剂
