(1) 发菌污染
①毛霉：这是最常见的一种病害。一种好湿性真菌，接种时间不长，便在菌袋口长出灰白色、粗壮、稀疏的气生菌丝，菌丝生长很快。毛霉广泛存在于土壤、空气中，对环境的适应性极强，在接种过程中，若不注意无菌操作或搞不好环境卫生，则极易发生毛霉，毛霉在潮湿条件下生长迅速，若遇阴雨连绵天气，或接种培养室湿度过高，均易受毛霉侵染。防治办法如下。a.环境消杀：搞好环境卫生，切实注意保持培养室、栽培室及周围环境的卫生。b.基料杀菌：培养料杀菌应彻底、接种时应严格执行无菌操作规程。c.防治结合：发菌期间喷洒百病傻溶液以预防，对污染菌袋进行药液浸洗，以防蔓延。
②曲霉：该病害种类很多，在自然界中分布广泛，名称有黄霉病黑霉病等。曲霉广泛存在于土壤、空气及腐败有机物上，主要靠气流传播，是侵染的主要途径，曲霉对温度适应范围广，并嗜高温。
③青霉：是食用菌制种及栽培过程中常见的一种污染性杂菌，菌丝初期白色，可形成圆形菌落，外观略呈粉末状。随着其菌丝生长，颜色由白逐渐变为绿或蓝。老菌落表面常交织形成一层状物，青霉病喜酸性，若培养料酸性大，也易发生该病菌。青霉菌发生也与食用菌菌株长势强弱有密切关系，若菌丝长势弱，也易招致该杂菌发生。防治办法如下a.选用脱毒菌种。b.清理环境卫生。c.调节好培养料pH值。d.局部发生可用消霉王溶液注射。
④木霉：木霉在自然界中分布很广，是食用菌生产中的一种主要病害。培养料受侵染后，初期菌丝白色，纤细致密，形成无固定形状的菌落。以后从菌落中心到边缘逐渐产生分生孢子，使菌落由浅绿色变成深绿色霉层。菌落扩展很快，特别在高温高湿条件下，几天内绿霉即可侵染整个菌袋。防治办法如下：a.每5天左右对培养室(棚)喷洒一次百病去无踪溶液，预防效果较理想。b.菇房湿度不能过高，并保持清洁卫生，通风良好。c.药剂防治，菌袋感染绿霉可使用百病傻或赛百09药液浸洗。
⑤链孢霉：链孢霉常发生于高温高湿季节。这是一种顽强、速生的霉菌，培养料受污染后，在料面迅速形成橙红色或橘红色的霉层。发病规律及侵染途径：培养室环境不卫生；培养料灭菌不彻底；或棉塞受潮过松；或菌袋破漏等，是链孢霉侵染的主要途径。防治办法如下。a.严格执行无菌操作要求，从各个环节杜绝杂菌侵入。b.将接种箱用甲醛熏蒸后再用，或采用接种净化机进行接种操作；接种室喷洒百病去无踪溶液。c.培养室进行彻底消杀，参考前述相关内容；d.对污染链孢霉的菌袋，可挖坑将其深埋或烧毁。
(2)菇期病害：
①高脚菇原因有两种，其一是菇棚通气不良，造成菌柄徒长；算二是现蕾过多，疏蕾过迟。解决办法如下。a.出菇期间一定要保持良好的通气条件。b.应在菇蕾长至小纽扣大小时及时疏蕾。
②黄色斑点病原因是喷水时直接将水滴喷到了子实体上，或者感染了细菌。正确的喷水方法是将喷雾器喷头往上喷细雾来增加空气湿度；如属细菌性病害，则可喷洒黄菇一喷灵或蘑菇杀病灵。
③腐烂病原因是气温过高，超过20℃即超出正常生长范围，造成了子实体生长不良，腐烂而死。出菇期菇棚内应维持8~18℃的温度较为合适；属于细菌性病害时。
(3)菇期虫害：白灵菇出菇期，虫害一般有菇蝇、菇蚊等，多发于春季气温回升时，严寒冬季发生很少，发生时，可在棚内喷洒高效低毒的杀虫剂防治，具体可参考前述相关内容。
(4)商品菇质量欠佳的原因：
①个头不足原因：培养料营养不良；两头出菇的，一头菇片过大而另一头菇片则小；培养料水分很低，造成菇片很小，个头不足；疏蕾过迟，浪费了过多的营养。
②菌盖偏薄原因：棚温过高，菇片生长迅速而造成。
③柄细长多原因：是因为通气不良及疏蕾过迟而造成
④菌盖色泽发暗原因：因为棚内湿度过大造成，合理的湿度应为5%~90%。（大相乡情）
