保证食用菌菌种质量主要包括三个方面：一是正确鉴定菌种种类；二是保证菌种纯度、长势和菌龄；三是扩大培养优质菌种。
一、正确鉴定菌种种类
最可靠的方法是做出菇试验，即小型栽培，根据子实体特征鉴别种类。有些食用菌菌丝 的形态和生理特征比较特殊，靠专业人员经验可以鉴定，如竹荪、猴头、银耳和草菇能够在实验室目视准确判断。
二、保证菌种纯度、长势和菌龄。
1、纯度。菌种要求是纯培养，不能混有杂菌和其他食用菌。可从菌落形态，特别是从菌落颜色上区别，如毛霉、根霉菌丝稀疏、生长快，青霉、曲霉、木霉聚集。许多杂菌区别于食用菌的白色呈特殊的颜色。
2、长势。不同食用菌菌丝的生长速度、旺盛程度、浓密度有明显的差别。在鉴别菌丝长势时，要注意培养基及培养条件的因素，在条件适宜的前提下，选用菌丝生长旺盛、生长量多和生产快的菌种。
3、菌龄。老化菌种生活力弱，不宜在生产中使用。不同食用菌老化的表现不大一样，就大多数食用菌来说，白色的菌种变黄或吐黄水，培养基收缩，形成了大的子实体，都是培养时间过多的菌种，不能使用。
三、扩大培养优质菌种
1、提供菌种所需要的营养物质。菌种生长需要的营养物质要齐全，掌握好碳氮比、无机盐、水的浓度，配制培养基一般碳源百分之几至十几，氮源千分之几至十几，大量元素的化合物是千分之五以下至万分之几，微量元素是十万分之几至百万分之几。
2、保证适宜的环境条件。已大量栽培的食用菌需要的温、湿、气、光等环境条件都很清楚，力求用量适宜的条件培养菌种。刚接好的菌种应取最适生长温度中的上限温度，促其萌发，培养2-3天菌丝深入培养基后，使培养温度稍低于最适生长温度，菌丝才会茁壮生长。一般应避光和适当通气。
3、防杂菌污染
⑴灭菌要彻底。灭菌不彻底，培养基中未杀死的杂菌在培养菌种时生长繁殖，菌种不能用。
⑵接种时严格无菌操作。杂菌进入培养基的机会有接种室（箱）灭菌不彻底、无菌操作不当、接种速度快等。
⑶环境消毒。对环境进行必要的药物消毒，最好是不同药物交替使用。不能随便丢弃有杂菌的菌种袋、瓶和栽培袋，防止成为食用菌栽培的重要污染源。
⑷做好菌种培养基的管理。菌种培养2-3天要逐个瓶（袋）检查，将生有杂菌的菌种拿到远处深埋或烧掉。如果不及时捡出生有杂菌的菌种，很快被迅速生长的食用菌菌丝掩盖，已无法识别，使用后损失更大。培养室消毒、避高湿，防大风直接吹进培养室，都是防菌种被污染的重要措施。
⑸轻拿轻放菌种。保证瓶、袋完好无损，包括装料、灭菌、运输、接种、培养管理等过程中防磨破、碰破、挤破、压破、扎破菌种瓶或菌种袋。运输时用洁净布覆盖，防落尘土和杂菌。
4、防菌种过期。过期的菌种老化变黄，培养基脱水，或形成子实体消耗了大量营养物质，菌种生活力降低。食用菌的种类和培养料不同，母种、原种和栽培种培养天数和使用期也不一样，母种长满试管应立即使用。平菇母种一般培养7天，有的平菇品种多培养一夜菌丝就变黄。木屑、棉籽壳为主料的原种、栽培种，外观长满菌丝后，中心部位还没有长好，在室温下有5天左右的"后熟期"内部也就长好了，这时应及时使用。
