1. 斑点病
斑点病又叫褐斑病。病原菌为托拉氏假单孢杆菌（Pseudomonas tolasii）。这种细菌在自然中分布很广，可以在空气中飘浮或污染食用菌覆土，也可由菇蝇、线虫和工作人员传播。在高温、高湿、通风不良的环境条件下容易发生。
症状：主要危害菌盖及菌表面组织，染菌后菌盖上出现椭圆形或梭形的黄色或苍褐色病斑，然后变成暗褐色凹陷斑点。当斑点干后菌盖裂开，形成不对称的子实体，菌柄上偶而也发生纵向的凹斑，菌褶很少感染。有时磨菇采收后才出现病斑，特别是食用菌置于变温条件下，水分在菇盖表面凝结时，更易发生病斑。
防治措施：不要使菇盖表面积水和土面过湿；减少温度波动，防止高湿，空气相对湿度应降至85%以下；喷 1:600倍次氯酸钠漂白粉；保持菇房清洁，及时清除菇根、死菇、残菇等。
主要危害对象：双孢菇
2. 干僵病
干僵病是由假单孢杆菌 ( Pseudomonas sp. ) 引起的。在一批菇中，任何位置的菇都可以出现病征，与病区食用菌菌丝相连接的地方都可能蔓延开来。一般认为病原菌是沿着食用菌菌丝传播的。在发病的菇床上，若用一条塑料薄膜将病区隔开，干僵病便不会传播。相关专家指出，这种病的发生与一种叫做伏草菌的木腐菌有关。因此，利用被木腐菌感染过的材料，容易受到该病原菌的感染。
症状：食用菌被感染后，子实体畸形，苍褐色，菌盖歪斜，菌柄稍膨大，但不腐烂，而是逐渐萎缩，干枯，若病菇盖断下来，也可发现一条条暗褐色的变色组织。
防治措施。可采取隔离措施，防止病区和健康区之间食用菌菌丝的连接，目前尚无化学防治办法。
主要危害对象：双孢蘑菇
3.烂耳
银耳、木耳采收不及时，耳体过熟，容易感染细菌而腐烂；闷热，通风差，耳木或培养料过湿，银耳菌丝生活力差，病虫杂菌的影响、使用农药过量或酸碱度过高过低，影响耳片正常生长而造成烂耳。
症状：黑木耳烂耳又叫" 流耳 "、" 糖性耳 "、" 水烂耳 " 等，是细胞充水破裂的一种生理性病害。黑木耳在接近成熟时，不断产生担孢子，消耗子实体里的营养物质，使子实体趋于衰老。此时湿度大，温度高，光照差，通风少，常发生溃烂。
防治措施：细菌或害虫侵害也可引起黑木耳烂耳。及时采收，加强通风和光照，降低湿度，可减少烂耳。
主要危害对象：木耳、银耳
