一、真菌性病害
1、褐腐病。又称白腐病、水泡病。病菌孢子通过覆土带入菇房，由空气和害虫传播。当菇房空气不流通，遇高温高湿时发病重。在菇床上形成大量白色菌丝体，感病后，子实体菌柄肿大成泡状，严重时形成畸形菇，变为褐色，或形成菌盖菌柄不分的白色絮状菌球。防治方法：主要对覆土进行消毒。将覆土置于空房内，按每平方米5毫升甲醛加3克高锰酸钾的比例熏蒸24小时后，才能使用。菇床上若发现病菇，应立即停止喷水，通风降温至15℃以下，湿度不超过85%，在病区喷1%-2%甲醛液。发病严重的菇床应更换覆土，烧毁病菇，将所用工具用4%甲醛液消毒。
2、软腐病。由泡毒菌感染引起。病菌孢子多数通过气流和溅起的水滴传播，覆土过潮及低温高湿，易发生此病。发病时，若不及时处理，病菌便迅速蔓延，并变成水红色。子实体被感染后，逐渐变成褐色，直至腐烂。防治方法：减少床面喷水，加强茹房通风，降低土面和空气湿度，发病部位撒石灰或喷4%甲醛液；也可喷洒多菌灵或托布津或溃疡灵500倍液等。
3、褐斑病。又叫干泡病、轮枝霉病，由轮枝霉菌引起。病菌孢子常粘结成堆，主要通过溅起的水滴和菇蝇、螨类、人手、工具等传播。此病多发生在栽培后期，发病后，先在菌盖上产生许多不规则针头状的褐色斑点，以后斑点逐渐扩大，并产生凹陷，凹陷部分呈灰白色。病菇常干裂，菌盖歪斜畸形，菇柄出现剥皮现象。但菇体不腐烂，没有特殊臭味。防治方法：严防菇蝇进入菇房；一切工具用4%甲醛液消毒；已发病的地方用500倍液多菌灵等喷洒。
二、细菌性病害
1、斑点病。由托蓝氏假单孢杆菌引起。这种病菌在自然界分布很广，通过害虫及操作人员传播，在高温高湿下易发病，夏秋季节发生较重。发病初期，菌盖一二处出现黄褐色变色区，随即变成暗褐色凹陷斑点。此病的防治关键是控制好空气的相对湿度，尤其在蘑菇生长后期，菇房湿度不要超过85%，避免菇盖表面积水和土面过湿。减少温度波动，最好低于17℃。发病后用600倍液漂白粉喷洒。
2、干腐病。又叫干僵病，也是一种假单孢杆菌引起的。发病区蘑菇畸形，苍褐色，菌盖歪斜，菌柄基部膨大，并且逐渐萎缩干枯，失去食用价值。防治方法：主要是隔离，防止病区和无病区之间菌丝体连接。箱栽时，如果茹箱之间菌丝不相接，干腐病就不会传播；在菇床上，每隔一段用塑料薄膜隔开，也可阻止蔓延。
三、生理性病害
1、硬开伞。蘑菇遇异常气候，幼嫩子实体提早开伞的现象叫硬开伞。一般在18℃以下，温差10℃左右，或突然降温情况下发生，防治方法：在气温突变前做好保温工作，并增加菇房内的空气相对湿度。
2、畸形菇。形成的原因是覆土粗细不一，出菇部位低；菇房二氧化碳含量超过0.3%，以及药害和病害、虫害造成。防治方法：注意覆土质量和通风，避免有害气体进入菇房，注意防治病虫害。
3、薄皮菇。整个出菇阶段都可发生。主要由菇房内温度过高过低，或床面通风过度引起。防治方法：高温时要加强通风，低温或起大风时，菇房要保温保湿。
四、病毒性病害
病毒病是通过罹病的孢子和菌丝传播。菌丝感染病毒后，不能形成子实体；菌蕾感染病毒后，子实体发育畸形，或菌柄奇长，开伞极早，或菌柄弯曲菌盖特小，或菌柄下部尖削，或菌柄中央膨大成桶状、坛状，最后导致菇体萎蓿干瘪成海绵状。严重感染病毒的菇床上，常出现大块无菇区。防治方法：发现病毒病后，蘑菇一定要在开伞前采完，防止病菇散发出来的孢子传播；用低剂量溴甲烧熏蒸全部培养床架；将所有用具全部煮沸消毒。如果发病和蔓延严重，可根据病毒的寄生侵染性高度专一的特点，改变栽培种类，即可杜绝此病。
