污染杏鲍菇菌种或培养料的细菌种类很多，其中以能形成芽孢的芽孢杆菌较常见，其次是荧光假单孢杆菌和欧氏杆菌等。
一、危害症状：母种受细菌污染后，培养基表面呈潮湿状，有的有明显的菌落，有的散发出臭味，杏鲍菇菌丝生长不良或不能生长。栽培过程中培养料遭大量细菌污染后，变质发臭而腐烂。特别是麦粒菌种发生细菌污染后，菌种瓶壁上有明显的黏稠状细菌液及散发出腐烂的臭味。
二、发病条件：污染培养基及培养料的细菌种类很多，其来源也很广泛，空气中飘浮有细菌，各种有机物质上也带有细菌，一般水中也有细菌。污染细菌以芽孢杆菌的抗高温能力最强，它所形成的休眠芽孢必须通过121℃高压蒸气灭菌或正规间歇灭菌方法处理才能将其杀死。因此，灭菌时冷空气没有排除干净、压力不足或保压时间不够，是造成细菌污染的重要原因。另外，接种过程中，接种室或接种箱消毒灭菌不彻底，操作人员不严格遵守无菌操作规程，或菌种本身带有细菌，都是引起细菌污染的原因。从培养基或培养料条件上看，ph值呈中性或弱碱性反应，含水量偏高，有利于细菌生长；从温度条件上看，高温或料温偏高时有利于细菌生长。
三、防治方法
1、培养料原料要求。①稻草、棉子壳、玉米芯等干燥新鲜无霉变现象；②培养料发霉的要进行高温堆制发酵处理；③拌料时用清洁干净的井水或河水；④用干料重0.1%的50%多菌灵或0.1%甲基托布津拌料；⑤控制培养料含水量不能过高，培养室温度不能过高。
2、母种扩大培养时，可在已灭菌的培养基上加入少量的链霉素或其他抗生素，防止细菌生长，保证菌种内没有细菌。但向试管中滴进链霉素时，应在无菌操作条件下进行，以免制止了细菌污染却带来霉菌污染。抗生素浓度以每毫升含100-200国际单位为宜。
3、菌种转管或扩大培养过程中，首先要保证培养基灭菌彻底,其次是整个操作过程必须严格按照无菌操作规程进行。
4、菌种生产时，扩大接种用的母种或原种必须保证未受细菌污染。如果用小麦做菌种，则要选用没有赤霉病及无破损的麦粒。防止含水量偏高和严格进行灭菌。
5、所用的马铃薯蔗糖琼脂培养基的ph值应调成偏酸性，以便抑制细菌生长。
