黑斑病和锈斑病是金针菇栽培中常见的两种病害，既影响产量，又影响品质。其防治方法分别如下：
一、黑斑病
黑斑病是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径达2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。该病以危害菌盖为主，患病的菌盖再传播到相邻的子实体，严重时整个菌盖变成黑色，有轻微的臭味。病重时金针菇失去食用价值。
防治方法：预防金针菇黑斑病，最重要的是控制好适宜的温度和湿度。对菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，特别不可用冷水喷洒，否则会使菌盖因吸水过多而诱发黑斑病的发生。菇房内的湿度不宜长时间超过90％，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后先加强通风，然后覆盖地膜。出菇期间室内气温应调至 17℃ 以下。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒每毫升含100～200单位的农用链霉素或漂白粉６00倍液。
二、锈斑病
锈斑病是由假单孢菌引起的病害。感病金针菇的菌盖产生有锈色斑点，主要是浸染金针菇菌盖。初期为针头状，后扩大成芝麻粒大小，边缘虽不整齐，但病斑之间可互相联合成不规则的大锈斑。该病的病原菌存在于培养料及漂浮在空气中，在高温高湿、通风不良等条件下锈斑病最易发生。
防治方法：为预防锈斑病的发生，对菇房洒水时不要直接洒向子实体，以防止料面出现积水。洒水后应及时通风，室内的空气相对湿度不要长时间超过95％，菌袋表面覆盖地膜时要待子实体水分晾干后。发病初期，应防止病菌向健康子实体蔓延，并用50％的多菌灵800倍液或每毫升含100～200单位的农用链霉素喷洒。
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