清水浸泡法 将采收的金针菇扎成小把（每把约1千克），浸没在符合饮用卫生标准的清水中，以隔绝氧气供应，使其组织处于休眠状态，抑制酶活力，减少菇体的呼吸作用，以防止老化。采用此种方法可保鲜1～2天。
盐水浸泡法 将鲜菇用0.5%～1%的食盐水浸泡15～30分钟后，捞起沥干水，用无毒塑料袋密封包装，在常湿下可保鲜3～5天。
药剂处理法 菇体经漂洗后，用0.1%～0.25%的焦亚硫酸钠溶液浸泡10～20分钟，捞起沥干水，用塑料袋密封包装。在室温下可贮存6～10天（食用或深加工时，要用清水漂洗干净，有条件的最好用0.05ppm的柠檬酸液漂洗，以去掉或减少焦亚硫酸钠的含量）。
盐渍加工 金针菇盐渍的工艺流程是：清洗→去根除杂→护色（用食盐水或焦亚硫酸钠，浓度同短期贮存法）→煮制（10～15分钟）→腌制（用波美 12度盐水腌3～6天）→倒缸腌制（用波美25度盐水腌2～3天）→上市（连同腌制液桶装）销售或贮存。此法可基本保持原有的色、香、味和营养成分。
糖渍加工 金针菇糖渍的工艺流程是：清洗→去根除杂→护色硬化（用氯化钙0.5%和焦亚硫酸钠0.1%浸泡20～30分钟→糖煮（在40%糖液 中煮10～15分钟）→冷浸（6～10小时）→再糖煮（在65%～68%）的糖液中煮10～15分钟）冷却（24小时）→干燥（在烘房内的干燥箱中进 行）→上糖衣（即沾糖粉）→包装（用食品塑料袋密封包装）→成品（金针菇蜜饯）→贮存或上市销售。
自然干制法 即采用日晒来降低菇体水分，达到较长时间贮存的要求。将菇体清洗干净，上蒸笼蒸10～15分钟（以抑制菇体中氧化酶的活性，可防止 菇体变色），摊放在竹筛或席子上置阳光下晒干，干菇含水量为12%以下。晒时不能摊得太厚（一般为2～3厘米），翻动时要依次轻拿轻放，以免折断菇体，影 响商品质量。
人工干制法 方法很多，但以采用远红外线和微波干燥法为宜，其外观和营养成分保存都优于传统的烤房、烘箱干燥法，因为远红外线和微波升温快，能迅速抑制菇体中各种氧化酶的活性，但干燥温度不要超过70℃，干品含水量在12%以下，用无毒塑料袋包装密封，防止回潮霉变。
罐制加工 即制成罐头。罐制的工艺流程为：清洗→去根除杂→热烫（98℃热水漂烫5～8分钟）→装罐（盐水浓度2.5%左右，柠檬酸0.05%）排气密封→杀菌→冷却→成品。
另外，还可加工成金针菇酱菜和饲料等。
