简单地说：如果菌种污染，本身带有杂菌，将直接导致菌包的污染，这里指的菌种包含母种、原种、栽培种，关于液体菌种将在以后专门论述，栽培种引起的污染严重时表现为在菌种部位出现杂菌，在接种后几天内就可以表现出来。
在实际生产中，谁也不会将能够看出来有杂菌的栽培种接入到菌包中，杂菌大多都是“隐性”的形式存在于栽培种中，要解决因菌种引起的污染，就必须从菌种的质量抓起，需要注意以下几点：
1，一定要自己制作菌种
这里是指具备一定的设备条件和技术条件，才能自己制作菌种，自己制作的菌种全过程都是自己严格控制，质量和纯度才是有保证的，反之，购买的菌种因为本身质量，以及长距离的运输等，都容易出现问题，特别是夏季从外地购买菌种，如果不使用冷藏车，在运输的过程中很容易导致活性下降和污染。
当然，如果你附近有质量可靠的菌种厂，也是可以使用购买的菌种，从长期发展，将会出现越来越多的专业菌种厂。
2，避免使用老化菌种
因使用老化菌种引起的污染比较普遍，老化菌种一般指的是存放时间较长，或者是经过低温保藏的菌种，老化的菌种自身容易受到杂菌侵染，严重时肉眼可以看到，轻微感染或者是细菌感染，从外观上是很难观察到的，而接到菌包后，杂菌就具有了合适的生长条件，表现为污染。
老化的菌种，还表现为活性下降，接到菌包后菌种萌发速度慢，严重时会出现不萌发的情况，这样就会给杂菌提供生长的机会，导致污染率增加，在食用菌工厂化生产中很少使用老化菌种，但是对于普通栽培户来说，因为大多不具备制种能力，因使用老化菌种导致污染的情况时有发生。
3，做好菌种生产计划
按照生产计划制作菌种，是保证能够使用“新鲜”菌种的前提，所谓新鲜菌种是指刚刚长满，或者是刚长满几天的菌种，这时的菌种活性最强，接种后萌发的速度最快，菌种的纯度这时也是最高的，随着长满后存放时间的增加，菌种被感染而携带杂菌的机会也逐渐增加。
在工厂化生产中，大多数企业都能够按照计划进行菌种生产，而小型栽培户对此不够重视，要根据自己生产实际情况制定合理的栽培计划，从计划出菇的日起开始，推出进棚开袋的日期，在推出菌包接种的日期，以此类推，一直推算的母种的制作日期，这样就做好了生产计划。
4，加大菌种挑选力度
无论是母种、原种、栽培种，都要根据实际用量尽可能多做一些，在培养的过程中，每天进行长势和污染观察，发现异常的及时挑出来，对于母种一定要做到100%的不染菌，但是是允许把长势不良的母种淘汰的，原种和栽培种在使用前要有专门的人员进行最后一次严格的挑选，稍有怀疑的就要淘汰。
既然母种、原种、栽培种都允许有一定的淘汰率，那么在制作菌种的时候，就应该适当的多做出一些，这样才能保证生产的正常进行，根据制种水平的程度，可以规定当超过一定淘汰率的时候，该批次菌种就要全部淘汰了。
5，尽量使用原种
原种的纯度要远远高于栽培种，首先是从级别上说，越往下转代，就容易出现污染和异常问题，然后是原种可以使用专用的菌种瓶，在接入母种后很容易观察母种的萌发情况，对于长势不良和污染的可以及时挑出，反而栽培种大多使用菌袋制作，不容易观察，而且接入原种后，菌丝很快萌发覆盖整个料面，接种和冷却等引起的料面污染很容易会被菌丝覆盖，很多外表正常，内部长满青霉的栽培种就是这样形成的。
使用原种，无疑会增加生产成本，这里菇行天下建议在食用菌生产中要综合的分析成本问题，在食用菌生产中最大的成本付出是污染、出菇病害、产量低，使用原种似乎增加了一些成本，但是只要污染率下降一点就足可以弥补。
这里再举一个例子，在去年（2016年）下半年，棉籽壳的价格上涨，很多工厂觉得用棉籽壳的成本太高了，就将多年稳定生产的配方中的棉籽壳取消了，在配方中不使用棉籽壳这样的重要的原材料，配方的物理性状发生巨大改变，最后的结果是单产大幅降价，或者菇质差，这样付出的代价远远超过使用价格很高的棉籽壳了，菇行天下希望朋友们在遇到类似问题的能够综合的考虑，而不要单一的从价格上分析。
6，有条件尽量使用谷粒菌种
用玉米粒、麦粒、谷子、高粱制作的原种叫做谷粒菌种，因为成本问题，通常只用谷粒制作原种，谷粒菌种相比常规菌种活性更强，萌发速度更快，菌丝覆盖满料面的时间会更短，使得菌袋污染的几率降低，如果具备制作谷粒菌种技术条件的朋友，尽量使用谷粒菌种。
很多朋友觉得制作谷粒菌种非常难，实际制作谷粒菌种和普通菌种区别并不大，只要注意谷粒吃透水分就可以，其他与常规菌种基本相同，在这一点上，对谷粒菌种感兴趣的朋友不要只想不做，先做个几十瓶试试，逐渐就能掌握谷粒菌种的制作方法。需要强调的是，谷粒菌种因为营养丰富，在接种和培养等环节更容易污染。
7，合适的培养温度
对于大多数的菇农来说，对菌种生长过程中的温度不够重视，普遍是看到菌丝能够生长就可以了，温度过高或者过低的情况十分普遍，特别是温度高的影响，菌丝在高温状态下新陈代谢速度快，菌丝生长不够强壮，在高温的环境中更容易导致污染。
正确的做法是母种、原种、栽培种都应该在合适的温度下培养，并进行适当的通风换气，以满足菌丝对氧气的需要，不同的品种都有最合适的培养温度，这里不进行单独介绍，那么，如何能够保证最合适的培养温度呢？菇行天下建议，有条件的菇农朋友要采用空调进行控温，实际上现在家用空调的购买成本和使用成本都很低了，完全可以采用。
8，菌种的接种方式
对于菌包接种来说，可以采用很多种方式，但是对于母种、原种、栽培种的接种，菇行天下建议一定要在接种箱进行，有条件的最好要在超净工作台中进行，生产量较大的可以在有层流罩（FFU）的接种室进行，这样才能保证菌种接种的安全性，就更不要说采用“开放式接种”了。
很多朋友看了这一点都会有疑问，这又是超净，又是层流罩（FFU）的，不就是种菇吗！以前不用这些也能种菇，一定要用这些设备吗？
可以负责的和朋友们说，食用菌的未来就是更多的采用先进的设备，即使小型生产，只用烟熏剂或者接种帐的方式，早晚会被行业的发展所淘汰，趋势代表一切！
