出菇期在双孢菇的整个生育期中占有重要的地位。由于温度、湿度、通风、培养基、覆盖物等原因，易使双孢菇产生生理病害，导致幼菇菇体畸形，甚至死亡，品质下降，产量降低，造成不可挽回的损失。找出生理病害的成因，采取预防措施十分必要。
1.、死菇
主要原因有：
①出菇密度大，营养供应不足。
②高温高湿，室内二氧化硫浓度过高，幼菇缺氧死亡。
③机械损伤，在采菇时，周围小菇受到碰撞。
④培养基过干，覆土含水量过小。
⑤幼菇期或低温季节喷水量过多，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡。
⑥用药不当，产生药害。
⑦秋菇遇寒流侵袭或春菇棚温上升缓慢，造成温差过大，导致死亡。
⑧秋末温度过高（超过25℃），春菇气温回升过快，连续几天温度超过20℃，适合菌丝体生长，菌丝体逐渐，恢复活性，吸收大量养分。易导致已形成的菇蕾产生养分倒流，使小菇因养分不足而成片死亡。
⑨病原微生物侵染和虫害，螨、跳虫、菇蚊等泛滥。
2、 畸形菇
主要原因有：
①覆土过厚、过干，土粒过大，对菇体产生机械压迫。
②通风不良，室内二氧化碳浓度过大，出现柄长易开伞的畸形菇。
③冬季室内燃煤加热，因二氧化碳浓度超量产生的瘤状突起。
④药害导致的畸形。
⑤水分与温度不协调而引发菌柄开裂，裂片卷起。
⑥料内。覆土层含水量不足或空气湿度偏低，出现平顶、凹心或鳞片。
3、 薄皮菇
症状为菌盖薄，开伞早，质量差。主要原因有：
①培养料过薄、过干等。
②覆土过薄，含水量不足。
③出菇期遇到高温、低湿、通风不良。
④出菇密度大，温度高，湿度大，子实体生长快，成熟早。
4、 红根菇
菌盖颜色正常，菇脚呈红色或发绿色。主要原因有：
①用水过量，通风不足。
②肥害和药害。
③培养料偏酸。
④采收前喷水。
⑤运输中受潮、积压。
5、 空心菇
症状为菇柄切削后有中空或白心现象。主要原因是气温超过20℃时，子实体生长过快，出菇密度大，空气湿度在90%以下，覆土偏干，菇盖表面水分蒸发量大造成的。
6、 鳞片菇
气温偏低，菇房湿度小，空气干燥，因喷水等原因室内湿度突然升高，菌盖便容易产生鳞片。有时鳞片是一些品种的固有特征。
