保鲜香菇的包装不同于其他商品的包装。为了保证鲜菇质量，包装材料及容器除了必须卫生无毒性外，还应具有隔热不透气，不受外界环境影响，在一定时间内有较强的保冷性能，并能使鲜菇处于良好的低温状态。
保鲜香菇包装容器系采用泡沫塑料压铸成有盖的长方形塑料箱，箱盖四周有隆起脊，与箱口保持紧密的吻合。装菇毕，箱口四周再用透明胶纸带粘住密封。泡沫塑料箱规格为：内长45厘米，内宽28厘米，内高16厘米，箱体厚度为2厘米左右。
鲜菇包装必须在清洁卫生、无异味、气味不高于3℃的低温房间进行。包装用具及工作人员制服，要保持清洁卫生，定期消毒。非工作人员不得任意出入包装场所，以防库温上升和传带病菌杂物污染产品。
包装必须在确定出口日期前进行。首先剪短鲜菇菇柄，留长约2.5厘米，边剪柄边包装，若过早剪菇柄，菇柄剪口会氧化褐变影响外观。鲜菇用塑料薄膜袋装盛，每袋装入同级香菇5千克，抽真空后再装到泡沫塑料箱中，箱口粘合密封并套上双瓦楞纸箱，纸箱口加粘胶纸带。
小包装通常采用泡沫塑料袋制成小托盘，每盘装入鲜菇100克或200克，整齐排列，有的菌褶朝外，外面包裹上一层保鲜薄膜密封不透气或抽成真空，然后装入纸箱，箱口加粘胶纸带。包装完毕，做好标记，待运。
保鲜香菇包装后要及时出运，从产地运往口岸出口鲜菇，必须采用冷藏车运送并严格控制好冷藏温度，防止温度回升，以确保鲜菇质量。
为了保证出口保鲜香菇在到达目的地时品质不变劣。海运通常用冷藏集装箱运输，空运采用飞机运输。
