一、病害防治方法
1. 香菇畸形病
主要表现：菌盖异形、菌盖有缺口、盖缘呈波浪形、盖缘内卷或呈钟罩形、盖上生角状或须状和小盖等附属物、菌柄膨大成纺锤形、没有菌盖或菌盖极小、子实体相互联合等。
发生条件：温度、湿度失控，菌块中菌丝未完全长透，养分积累不足，只能供应菌柄生长，而不能供应菌盖的生长；通气不良，光线不足，二氧化碳浓度过高。
防治措施：加强通风换气，注意调节光线，尤其是易遮光的角落处。子实体形成期，保持室内相对湿度在90％左右，特别注意喷雾洒水。
2. 香菇绿色木霉病
主要表现：菌棒和培养料面上形成一堆堆的绿色霉层，菌棒崩碎，手提即松散，使菌丝不能正常扭结形成菇蕾，即使长出少量的子实体，也会干枯腐败而失去食用价值。
发生条件：木霉存在于土壤、肥料和植物残体上，分生孢子凭借气流传播。该菌喜高温高湿和偏酸环境，温度20℃至35℃，相对湿度95％以上，PH值为3.5至60时孢子最适宜萌发。代料栽培菌棒转色不良时，感染较为严重。
防治措施：培养料要彻底灭菌，严格按照无菌操作进行接种；做好菌棒的转色管理，使整个菌棒转变为茶褐色后，再刺激出菇；控制温度、湿度，加强通湿状态；出现木霉后及时用50％百菌清或多菌灵500倍液或克霉灵100倍液洗刷感染部位，要连续进行2天至3天，抑制其病害扩散。
3. 香菇青霉病
主要表现：在香菇制种和栽培阶段均有发生，发病初期病菌菌丝与食用菌的菌丝极为相似，很难区分。当分生孢子形成后，转变成绿色或蓝色的粉状霉层。有时覆盖整个菌棒表面，与香菇菌丝争夺营养和空间，并分泌毒素抑制香菇菌丝生长。严重时不能形成子实体。
发生条件：青霉产生的孢子通过空气、土壤、肥料和有机残体等传播，适宜的生长温度为20℃至30℃，相对湿度在90％以上，喜欢偏酸性的环境。
防治措施：要选择新鲜、无霉变的培养料，培养料灭菌要彻底；接种要在无菌条件下进行，防止青霉孢子进入培养料；做好菇房管理，认真做好菌棒的转色工作，出菇期间掌握好补水量，避免高温、高湿；发现染病后用50％百菌清1200倍液或克霉灵1000倍液涂刷患处。
4. 香菇细菌病
主要表现：该菌在香菇组织内繁殖并引起发病，造成香菇子实体停止生长，香菇的菌盖、菌柄、菌褶都变为褐色，最后腐烂并发出恶臭味。该菌很少侵染菌丝体。
发生条件：病菌存在于土壤以及水体中，主要通过水、手、工具接触传染，再次侵染通过土壤、堆肥、蝇类、工具传播或因人工操作不慎引起。
防治措施：搞好菇房卫生，喷洒10000倍二氧化氯消毒剂或500倍至600倍甲醛房舍大棚消毒；出菇期间要用清洁的水，同时加强通风；彻底消灭蝇、螨害虫；收获后要及时销售或加工，避免引起细菌侵染。
在出菇期间还要注意虫害的滋生，常见的害虫有菇蚊、菇蝇、螨类、蛞蝓和跳虫等。
二、虫害防治方法
1.菇蝇
成虫和幼虫都喜欢取食潮湿、腐烂、发臭的食物，有较强的趋化性和趋腐性，可取食菌丝和子实体。可随培养料进入菇房，也可随菇房通风孔进入菇房。菇房的菇香味和烂菇味对菇蝇都有很强的吸引力。菇蝇繁殖力极强，一只雌蝇可产卵300粒。菇蝇以幼虫为害，在料中危害菌丝，从基部侵入菌柄，蛀食子实体，严重时将整个菇体食为海绵状。
防治措施：菇蝇在不同时期应采用不同方法。出菇前有菌蛆大量发生，可进行熏蒸，同时在每个菌棒上再喷0.15千克的1%氯化钾或氯化钠溶液（可用5%食盐水代替）；此外还应加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫生存环境，达到防治其为害的目的。若菇蝇数量大有菌蛆危害香菇菌棒可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药。
2.菇蚊
菇蚊喜欢在潮湿、肮脏的环境繁衍，香菇真菌的菌丝是菇蚊的最好食料之一。其危害方式主要是咬食菌丝，破坏菌丝的正常生长，导致菌丝衰弱或死亡，同时给其他杂菌的侵染创造了良好的条件，使一些竞争性杂菌在菇蚊的危害斑上大量繁殖并产生抗菌素，引发病害而进一步破坏香菇菌丝，造成危害的恶性循环。
防治措施：保持发菌场外和出菇场地清洁。香菇菌棒转移至菇棚前要进行彻底清扫，并用石灰粉或漂白粉等消毒杀虫灭菌。及时清理废旧培养料。香菇采收过程中应及时将废弃的菇棒挑出集中堆放处理；正确掌握防除菇蚊的方法。喷雾是杀死菇蚊的关键措施，通过喷雾杀虫可及时杀死成虫，大大降低成虫产卵量。杀成虫可用菇类专用杀虫剂菇虫净，该药具有触杀和胃毒双重作用，且药效持久。
3.螨类
螨类包括红蜘蛛、菌虱。其发生环境主要潜藏在厩肥、饲料和培养料内。腐殖质丰富的场所，往往有大量的螨类存在。螨类非常微小，发生初期常被忽视，一旦爆发易酿成大灾。螨类在香菇生产的各个阶段均可能造成危害，取食香菇菌丝体及子实体。培养基发螨害后，接种部位的菌种块不萌发或萌发后菌丝外观稀疏暗淡，并逐渐萎缩，严重时培养料中的菌丝会被全部吃光，造成栽培失败。
防治措施：搞好培菌场所的环境卫生可有效地杜绝螨害的发生。对发生螨害的培菌室，在重新使用前用敌敌畏等药物熏蒸杀螨；菌丝体培养期间可喷洒5000倍液的螺螨酯或500倍液的克螨特效果较好；子实体培育期间不宜用药，否则菇体易产生药害，食用后危害人体健康。
蜗牛、蛞蝓等害虫，可于清晨或傍晚进行人工捕杀。并在栽培棚内地面撒干石灰粉。
总之，香菇病虫害的综合防治措施，应遵循“预防为主，综合防控”的原则，一旦发现病虫害，要找出原因，及早采取防治措施。
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