平菇栽培过程中，经常会出现一些病症，影响生产和产量，现将其总结如下，供广大菇农可以借鉴。
一、菌丝纤细、稀疏，发菌速度慢
主要表现：播种后菌种块萌发慢、生长速度慢、菌丝较细而稀疏，菌丝灰白、发暗，而且占领料面需时偏长等。究其原因主要有两方面：一是菌种种源未经脱毒处理，或者脱毒的母种在制作三级种的发菌过程中退化或老化，使之降低了应有的抗性。二是基料处理不当，使其营养不全而导致菌丝弱势；或是配方中加入成分不明的辅助原料，抑制了菌丝健康发育；或因拌料后久置、环境杂菌基数高，使料内进入并滋生大量有害微生物等。此外，基料水分过大、装料偏紧、塑袋微孔过少等均可导致该类问题的发生。
防治措施：要对症下药。首先，对菌丝偏弱的菌袋采取“打孔增氧”，使菌丝在强氧条件下恢复活力，增加抗性；其次，加强对发菌场所及其环境的消毒杀菌，可使用百病去无踪对菇棚喷洒杀菌，每5天左右一次，直至出菇结束；第三，如果基料含水率偏低，可在菌丝基本布满料表时，对配1200倍食用菌三维营养精素（拌料型）浸法菌袋；最后，对确认基料已经腐败、无法完成发菌的菌袋，应及时将料倒出，晒干处理，以备再次使用，可降低损失。
二、不发菌
主要表现：菌丝难以吃料、基料慢慢变褐，并发出一种刺激性气味，甚至有的菌种块开始着生霉菌，菌袋变软，最后腐烂。其原因：一是菌种抗性问题，尤其三级种发菌阶段被动地接受了高温闷湿等，虽表面观察菌种没有明显变化，但其活力明显下降，严重者处于失去活力的状态；二是基料的处理不当，与上述相仿。还有一种情况就是制种者在三级种的塑袋上扎孔增氧，从而使得菌种自身携带大量杂菌孢子。
防治措施：若播种后5天没发菌，即可趁早补种。其方法是：打开袋口，用直径14毫米的钢钎打孔，孔内及两头接入新的菌种；若超过10多天，基料变味、变褐则不宜补种，应进行倒料处理。要将料晒干掺入新料，进行堆积发酵后，重新装袋播种。
三、杂菌污染
主要表现：杂菌污染品种主要有木霉、曲霉和毛霉等，发生原因：一是气候利于杂菌存活及繁殖；二是基料处理不当给杂菌的侵染提供了机会；三是环境尤其是菇棚消杀处理不到位；第四，不少菇农仍然心存侥幸，初期污染时盲目地等等、看看或者乱用药物，直到污染严重才着急求治。
防治措施：1.对菌种进行脱毒处理或引进脱毒菌种。2.对基料营养进行科学合理的调配，提高菌丝抗性。3.对棚内进行消毒1-2次。拌料时为防污染，可加入菇病消药物。发菌期间，每隔5天左右对棚内喷洒一次。如发现有小块菌污染，要使用菌绝杀进行涂刷、撒粉或浸洗菌袋等处理，以防杂菌孢子扩散。4.在菌袋完成发菌后，应强化其菌丝后熟期7-10天；条件允许时应延长15天左右，以使其积蓄更多的能量。出菇期间，每3-7天对地面、棚墙及门口、通风口等空闲处喷施一次杀菌药物，尽量不直喷菇体；当棚温在13℃以上、发现有菇蚊菇蝇等时，应使用高效驱虫灵溶液以驱避；发现有病害迹象时，应及时处理，以防蔓延。
