组织分离是最常用的一种食用菌育种方法，组织分离是食用菌一种无性繁殖方式，无性繁殖的特点是能够稳定的遗传母体的遗传性状，发生遗传突变的可能性很小，因此选育出比母体更优秀的品种几乎不可能，在生产中，组织分离常用于延续一个优良的品种。
大多数食用菌都可以采用组织分离进行育种，组织分离的方法比较简单，过程简单介绍：
1、制备培养基，试管和平皿皆可。
2、选取七成熟的子实体。
3、进行表面消毒后，在无菌状态下取子实体内部组织到试管培养基上， 大小如绿豆即可，不要过大。
4、22℃，恒温培养。
5、早期注意将染菌和菌丝较弱的挑出，待菌丝长到3cm左右进行第一次转管。
6、等菌丝再次长满后，再转管，一般3-5次，菌丝生长速度可以稳定的，即可转入出菇实验。
不同品种组织分离选取部位不同，一般选取菌柄和菌盖相交位置中部。不是所有品种都可以表面消毒，表面消毒容易使菌丝体吸收消毒剂中的水分，染菌率较高，如平菇等；子实体表面不容易吸水的表面消毒就没有影响，如虫草等。
虽然组织分离操作比较简单，菇行天下建议小规模生产的朋友不要进行组织分离，每年在信誉好的供种单位买两次试管母种就可以满足一年的需要。
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